Unusually short tandem repeats in the chromosome end structure of Rhynchosciara (Diptera: Sciaridae)

Abstract

The characterisation of chromosome end (terminal and sub-terminal) sequences of Rhynchosciara americana chromosomes was continued with the screening of a plasmid library made of amplified DNA fragments from a microdissected chromosome tip. An insert chosen for analysis hybridised to two chromosome ends and contains two microsatellite arrays in close vicinity to a sequence (named M-47), part of which is significantly similar to minisatellites of Salmonidae that are frequently present in the vicinity of microsatellite arrays. PCR results using a single primer representative of M-47 elements suggest that they are also repetitive in Rhynchosciara genomes. In addition, total single primer PCR products hybridised to the non-telocentric end subset of R. americana chromosomes. Another plasmid microlibrary made of chromosome tips amplified by a single M-47 primer was screened for repeats of Rhynchosciara chromosomes. Selected inserts that hybridised strongly to non-telocentric ends of R. americana and R. hollaenderi have a tandem array of 22 bp repeats (M-22). There is sequence divergence among M-22 repeats but their mean similarity is significantly high in relation to the M-22 consensus sequence derived from the cloned tandem array. M-22 elements lie distal to the 414 bp sub-telomeric satellite array characterised previously as suggested by double labelling for M-22 hybridisation and reverse transcriptase. M-47 elements, formerly identified in Salmonidae, thus contribute to specify unusually short repeats composing the sub-telomeric structure of two Rhynchosciara species.

Aspectos da estrutura da cromatina e da atividade de transcrição induzida na glândula salivar de Rhynchosciara americana (Diptera: Sciaridae)

“…Dados de caracterização de sequências repetitivas de R. americana não mostraram que as sequências clonadas se encontram enriquecidas nesta região (Madalena & Gorab, 2005;Rossato et al, 2007;Madalena et al, 2010a;Madalena et al, 2010b;Fernandes et al, 2012). Dada a inexistência de sondas capazes de acessar a região, o passo seguinte foi o da microdissecção cromossômica para amplificação do DNA e posterior clonagem dos produtos de PCR.…”

“…15). Este método tem sido corriqueiramente empregado no laboratório para tal finalidade (Madalena & Gorab, 2005;Rossato et al, 2007;Madalena et al, 2010a;Madalena et al, 2010b;Fernandes et al, 2012) e A ponta de seta assinala a região A-9. Notar nestas imagens a localização da sonda em regiões terminais dos cromossomos.…”

“…A sequência 11 (Fig. 16) apresenta alto grau de similaridade com sequências predominantemente localizadas nas regiões subteloméricas dos cromossomos A e X de R. americana (Rossato et al, 2007). As sequências 33, 37 e 46 correspondem ao transposon mariner (Madalena et al, 2010a).…”

“…Como foi adiantado, os dados de sequenciamento obtidos neste projeto revelaram que de fato existem algumas sequências repetitivas que são comuns às duas regiões: o minissatélite da sequência 11 (previamente estudado em Rossato et al, 2007; Por outro lado, quando confrontada à base de dados do NCBI, a sequência 42 não foi identificada (v. Tabela 1). Trata-se, portanto, de uma nova sequência repetitiva (v. Figs.…”

“…Este produto de amplificação altamente diluído foi usado em novo PCR com um único primer que é capaz de amplificar uma sequência repetida em tandem, denominada M-22, que aparece enriquecida em extremidades cromossômicas não centroméricas de R. americana (Rossato et al, 2007;Madalena et al, 2010). Esta nova sonda foi marcada com biotina e hibridou exclusivamente nas cinco extremidades cromossômicas não centroméricas de R. americana (dados não mostrados).…”