Unique RNA 2 sequences of two Brazilian isolates of Pepper ringspot virus, a tobravirus

Abstract

Pepper ringspot virus (PepRSV) is a tobravirus reported only in Brazil. Here, the sequences of the complete RNA 2 segments and the 3' end of the RNA 1 genomic regions of two new isolates from tomato plants were analyzed. The main ORF encodes the CP gene as other tobraviruses and termed ORF 1 of RNA 2. The second ORF was found only in one of the new isolates, although this gene was absent in the type isolate, CAM (collected in the 1960's). Interestingly, this ORF 2 gene did not show any nucleotide and amino acid sequence similarities with known 2b genes of tobraviruses, an essential gene of tobraviruses for nematodes-transmission. The 5'UTR sequence of RNA 2 segment of CAM isolate was previously reported showing two impaired direct repeats; however, the direct-repeats were absent in these new isolates. An additional ORF was predicted upstream of the CP gene. This putative protein possessed a transmembrane domain similar to the ORFN1 of RNA 2 of Tobacco rattle virus SYM isolate, although there was no sequence similarity. This is the first report on the diversity of the RNA 2 sequences of PepRSV.

Interação do vírus do anel do pimentão (Pepper ringspot virus - PepRSV) com plantas hospedeiras

“…Dois novos isolados de PepRSV foram coletados em Luziânia, GO, Brasil em 2012 em plantas de tomateiro industrial (Batista et al, 2014). Os sintomas encontrados no campo foram de manchas em anéis e faixas amarelas localizado nas folhas baixeiras (Figura 1.3).…”

“…Os isolados foram denominados Lavrinha (LAV) e Pivo4 (locais a 10 km de distância entre uma lavoura e outra) (Batista et al, 2014). Para os três gêneros monodélficos (apenas um ovário), Monotrichodorus, Allotrichodorus e Ecuadorus, não há relatos na literatura de espécies vetoras de vírus de plantas (Almeida & Decraemer, 2005).…”

“…Os isolados LAV e Pivo4 de PepRSV RNA2 apresentam 279 nt semelhantes a PepRSV RNA1 isolado CAM com a identidade observada de 93,2%. Estima-se que esta recombinação pode ter ocorrido, por pelo menos, três décadas atrás, sendo o tempo necessário para acumular a diversidade observada (Batista et al, 2014). Com base nestas evidencias, fica clara a necessidade de estudos para melhor compreender a finalidade biológica e evolutiva das regiões semelhantes entre o segmento genômico do RNA1 e RNA2 dos diferentes isolados de PepRSV.…”

“…PepRSV é pouco estudado e três isolados (CAM, Pivo4 e LAV) foram caracterizados anteriormente (Costa & Kitajima, 1968;Batista et al, 2014). O isolado CAM é o primeiro 2 isolado identificado em pimentão, coletado em São Carlos, SP (Costa & Kitajima, 1968), e os isolados Pivo4 e LAV foram coletados em 2012 em tomateiro, na região de Luziânia, GO (Batista et al, 2014).…”

“…Já a sequência do RNA 2 do isolado LAV (PepRSV) é maior e apresenta o gene da proteína 2b, sendo, porém, distinta da proteína 2b de TRV e PEBV (Batista et al, 2014). Como o isolado LAV (PepRSV) não foi propagado por inoculação mecânica, é esperado que a sua transmissão ocorra normalmente pelos nematoides.…”