ỨNG DỤNG GIẢI TRÌNH TỰ GENE THẾ HỆ MỚI (NGS) ĐỂ SÀNG LỌC ĐA HÌNH NUCLEOTIDE ĐƠN (SNP) LIÊN QUAN ĐẾN TÍNH TRẠNG TĂNG TRƯỞNG Ở TU HÀI (Lutraria rhynchaen, Jonas 1844)

Abstract

Nghề nuôi tu hài (Lutraria rhynchaena) tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh hiện nay gặp nhiều khó khăn do chất lượng con giống thấp, dịch bệnh thường xuyên xảy ra. Trên cơ sở đó, cần có những nghiên cứu nhằm nâng cao chất lượng con giống; đặc biệt là cần có sự kết hợp giữa di truyền số lượng và di truyền phân tử để chọn lọc được tính trạng mong muốn thông qua các chỉ thị phân tử. Trong nghiên cứu này, chúng tôi ứng dụng công nghệ giải trình tự gen thế hệ mới NovaSeq6000 để giải trình tự và sàng lọc các đa hình nucleotide đơn (SNPs) liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài. Kết quả đã sàng lọc được tổng số 1.470.534 SNPs cho cả hai nhóm tu hài, ở nhóm tu hài tăng trưởng nhanh xác định được 703.228 SNPs, ở tu hài tăng trưởng chậm xác định được 394.723 SNPs và xác định được 372.583 SNPs xuất hiện ở cả hai nhóm tu hài. Qua sàng lọc và phân tích liên kết thu được 20 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và 12 SNP tiềm năng cho nhóm tu hài tăng trưởng chậm. Các SNP được sàng lọc bước đầu là chỉ thị phân tử phục vụ cho các chương trình chọn giống tu hài ở Việt Nam trong tương lai.