O Projeto Interdisciplinar de Ciências, desenvolvido em um colégio da rede privada de um município do Estado do Paraná/Brasil, envolvendo alunos dos anos finais do Ensino Fundamental, serviu de espaço e contexto interativo para a realização de uma pesquisa, estruturada na abordagem qualitativa e pesquisa-ação. Como parte dessa pesquisa, este estudo objetivou identificar a colaboração e negociação de significados sobre a estrutura e composição química viral, durante atividades interativas, mobilizadas pela Aprendizagem Baseada em Projetos (ABP) e construção de modelos virais na Minecraft Education Edition. Esta investigação foi realizada com quinze dos alunos, utilizando um questionário, pré-teste e pós-teste, para a composição dos dados. O questionário buscou evidenciar os conhecimentos dos alunos acerca dos vírus e suas percepções quanto ao uso do Minecraft. A análise dos dados, fundamentada no método pragmático, revelou uma diversidade de concepções iniciais sobre os vírus, desde definições simplificadas até conceituações mais elaboradas. A colaboração e negociação de significados, propiciadas pelas interações dialógicas e elaboração coletiva de atividades, foram evidenciadas nas respostas pós-teste, caracterizadas por uma evolução nas compreensões acerca da relação entre a organização dos seres vivos e a classificação dos vírus como vivos ou não. Na análise dos dados referentes à utilização da Minecraft Education Edition em atividades escolares, foram identificadas experiências variadas, incluindo aspectos positivos e desafios. Concluímos que os espaços e contextos interativos, viabilizados pela ABP, aliada ao uso de jogos educacionais, podem estimular a colaboração e negociação de significados, potencializando a aprendizagem.