Um Estudo Sobre Fluxos De Dados E Bancos De Dados Biológicos

Abstract

With the advance in the genome sequencing techniques together with the arising of several repositories of biological data, computational techniques had become indispensable tools for a better characterization and understanding of the organisms in study. One way to analyze the genomes is to compare its sequences with other sequences from previously studied genomes, to define the similarities. Frequent updates in the biological data repositories led to the problem of reprocessing of the comparisons, that consists to avoid new comparisons among sequences of the study genome with already compared sequences from the repository. These comparisons are performed by biological comparasion tools, such as BLAST. This paper describes the problem, comparing it to the data flows, trying to visualize the frequent updates as a biological data flow, and addressing data streams techniques tha can be usefull to deal with the problems related to the reprocessing of the comparasions.Resumo. Com o avanço nas técnicas de sequenciamento de genomas, juntamente com o surgimento de diversos repositórios de dados biológicos, técnicas computacionais tornaramse indispensáveis ferramentas para uma melhor caracterização e compreensão dos organismos em estudo. Uma forma de analisar os genomas é comparar as suas sequências para determinar as sequências similares em relação a outros genomas estudados anteriormente. Atualizações frequentes nos repostiórios de dados biológicos deram origem ao problema da recomputação, que consistem em evitar recomparações entre as sequências dos genomas em estudo com as sequências dos repositórios, comparações essas efetuadas por ferramentas como o blast. Este trabalho apresenta o problema relacionando-o a fluxos de dados, visualizando as frequentes atualizações como um fluxo de dados biológicos, e abordando algumas técnicas em data streams que podem ser utilizadas para tratar os problemas relacionados a essas recomparações.Palavras-chave: Fluxos de dados, bancos de dados biológicos, comparação de sequências, BLAST Responsável por publicações: