Cinquenta filés de tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus) de um mercado de peixes de um município do Estado de São Paulo, Brasil, foram analisados quanto à prevalência de Mycobacterium spp. Após a coleta dos peixes, os filés foram armazenados individualmente e identificados em sacos plásticos estéreis herméticos, colocados em caixa térmica com gelo e levados ao laboratório. Amostras do músculo esquelético (20 mg) foram obtidas e avaliadas por PCR (Polymerase Chain Reaction). Os resultados mostraram a presença de Mycobacterium spp. em 100% das amostras (50/50). O sequenciamento Sanger revelou a presença de Mycobacterium gordonae em todas as amostras. Embora o M. gordonaeseja de baixo potencial patogênico em humanos, a literatura relata infecção em pacientes imunossuprimidos, como pulmões, tecidos moles, córnea, cavidade peritoneal e, menos frequentemente, bacteremia. Assim, o número consideravelmente elevado deste organismo encontrado neste estudo em um prato popular como o filé de tilápia é de grande preocupação. As mudanças nos hábitos alimentares da população, como o aumento do consumo de pescado cru, devem chamar a atenção dos piscicultores e dos comitês de fiscalização, visto que lesões macroscópicas sugestivas geralmente estão ausentes nos produtos. Além disso, é necessário avaliar o papel potencial do Mycobacterium gordonaecomo agente infeccioso quando ingerido através de alimentos, tanto para pessoas imunossuprimidas como para imunocompetentes.