Mots clés: Ontologie appliquée, espèce naturelle, maladie 2 N° 1 2016 Vol. 3 constitutionnelle_de ou attaché_à, qui permettent de formaliser des axiomes comme Valve_Mitrale partie_constitu-tionnelle_de Coeur. Par ailleurs, les propriétés des relations, telles que la transitivité ou la réflexivité de la relation partie_de, y sont également spécifiées.La formalisation au sein des ontologies appliquées rend possible le raisonnement automatique : celles-ci peuvent être couplées à un moteur d'inférence, qui peut, d'un côté, vérifier la cohérence logique de l'ontologie, mais également déduire de nouveaux théorèmes à partir des axiomes acceptés et des propriétés des relations. Par exemple, si on a accepté les axiomes a partie_de b et b partie_de c, et qu'on a intégré la transitivité de la relation partie_de, le moteur pourra déduire a partie_de c. Les ontologies sont fréquemment formalisées dans le format OWL (Web Ontology Language), fondé sur la logique de description, un fragment décidable de la logique du premier ordre, ce qui permet de tester la consistance de l'ontologie et de déduire l'ensemble des conséquences logiques des axiomes formalisés.
Les ontologies bio-médicalesLes ontologies appliquées sont aujourd'hui dévelopées et utilisées dans une grande variété de domaines. Elles ont notamment pris une importance croissante dans les sciences biologiques ainsi que dans la recherche et la pratique médi-cales 2 : il importe en effet que l'information contenue dans les ouvrages biomédicaux, journaux et essais cliniques soit vraiment accessible et utilisable par les praticiens et les chercheurs du domaine (Burgun et Bodenreider 2008). Un des enjeux majeurs de l'interopérabilité des données dans le domaine biomédical est le développement de la médecine personnalisée, qui consiste en l'adaptation des pratiques mé-dicales et des décisions thérapeutiques aux spécificités des patients (Canuel et al. 2014).Pour que les ontologies appliquées puissent remplir leur objectif d'interopérabilité, il faut qu'elles soient construites sur des bases solides, et c'est dans ce domaine que l'ontologie philosophique a un rôle à jouer.
-L'apport de l'ontologie philosophique aux ontologies appliquéesLe développement d'ontologies appliquées en sciences de l'information pose des problèmes très semblables à ceux qui sont classiquement abordés par l'ontologie philosophique, et il est devenu clair que le succès de la première entreprise ne sera possible qu'en utilisant les théories et les méthodes de la seconde (Smith, 2004). Commençons par exposer les diffé-rents types de connaissances représentables dans une ontologie et ce que la philosophie peut apporter à cette formalisation, en prenant l'exemple de l'ontologie appliquée BFO 3 (Basic Formal Ontology). Il existe une documentation philosophique abondante sur chacune de ces notions, qui s'avère précieuse pour réali-ser leur formalisation. Considérons ainsi la notion de disposition (Mumford 1998), sur laquelle nous reviendrons ultérieu-rement pour montrer son utilisation dans la formalisatio...