En açık şekliyle İslam karşıtlığı ve nefreti olarak tanımlanabilecek İslamofobi; sosyolojiden siyasete, psikolojiden uluslararası ilişkilere kadar birçok alanda detaylı olarak çalışılan güncel bir sorun olmakla birlikte teolojik boyutu çoğunlukla göz ardı edilmiştir. Bu yüzden İslamofobi’nin asli kökeninin teolojik boyuttan kaynaklandığı, daha sonra tarihsel süreçte sosyo-kültürel ve endüstriyel forma dönüştüğü düşüncesi irdelemeye değer bir konudur. Ortaya çıktığı çağda göreceli olarak etkisiz bir bölge ve kabileden doğan İslam medeniyetinin kısa sürede Hristiyan Roma’ya kafa tutması, Hristiyanlığın egemenlik alanlarında hızla yayılması ve Hristiyanlık inancını temellerinden sarsmaya azmetmesi Hristiyanlığın İslam’ı önemli bir rakip olarak görmesine yol açmış ve tarih boyunca bu rekabet sürmüştür. Uzun yıllar pagan kültürle, Yahudilerle daha sonra kendi içinde ve nihayetinde İslam’la çatışmaya giren Hristiyan Batı dünyası, Orta Çağda yürüttüğü din savaşlarını oryantalizmle bilimsel dünyaya taşımış; İslamofobi kavramı ile de İslam karşıtlığını güncelleyerek kurumsallaştırmıştır. İslamofobi kavramının ilk teolojik temellerini oluşturan Şamlı Yuhanna (John of Damascus) yazdığı eserlerle Hristiyanlarla Müslümanlar arasında önemli bir gerilme ve kırılma hattı oluşturmuştur. Önemli tartışmaların yaşandığı VIII. yüzyılda aktif olan Şamlı Yuhanna, Orta Çağ boyunca Hz. Muhammed (a.s.) ve İslam’ın olumsuz yönde algılanmasına yol açan ilk önemli figür olmuştur. Yuhanna ile başlayan ve polemik üzerine şekillenen Hristiyan-İslam tartışmaları daha sonraki yüzyıllarda çok sayıda teoloğa da kaynak oluşturmuştur. İslam ve Hristiyanlığın büyük oranda aynı coğrafyada yayılım göstermeleri, Müslümanların Hristiyan dünyası için önem arz eden Kudüs, İspanya ve İstanbul’u fethetmeleri, Hristiyan dünyasının ruhani merkezi Roma’ya ulaşmak adına Viyana’nın kapılarına dayanmaları, İslam’ın gelmesiyle Hristiyanlık döneminin kapandığı ve ilahi kurtuluşun sadece İslam’da olduğu yönündeki meydan okumaları İslamofobi’nin teo-politik kökenini oluşturmuştur. Bu yüzdendir ki Orta Çağ’ın büyük bir bölümünde İslam öldürücü bir tehlikenin simgesi olarak görülmüş ve günümüze kadar bu yaklaşım sürdürülmüştür. Hristiyanlığın ilk zamanlardan beri İslam’ı hedefe koymasının ana sebeplerinden birinin de hem Hristiyanlığın hem de İslam’ın birbirleri hakkında dünyayı ele geçirecekleri şeklindeki inançsal korkularıdır. Özellikle İslam’ın fetihlerle hızla yayılması ve çok uzak coğrafyalara kadar ulaşması Orta Çağda Hristiyanların bu korkularını zamanla daha fazla artırmıştır. Günümüzde de bu durum değişmemiş ancak tüm negatif propagandalara rağmen İslam sürekli yayılmaya devam etmiştir. İki milyara yaklaşan Müslüman toplumun birkaç yüzyıldır yattığı derin uykudan uyanıp yeniden güçlenerek Avrupa değerlerini aşındıracaklarına, Batı medeniyetini yok ederek İslami bir düzen kuracaklarına yönelik tarihsel korkuları, onların bilinç altlarındaki İslam düşmanlığını açığa çıkarmaktadır. Çünkü Hristiyan Batıya göre ilk dönemlerinden beri Müslümanların fetihçi anlayışının arka planındaki asıl motivasyon kaynağı, İslam’ın çok güçlü tek tanrı inanışıyla siyasal hakimiyet tasavvuru arasında kurdukları ilişkidir. Müslümanların siyasal iktidarlarıyla birlikte bilim, felsefe, sanat ve düşünce odaklı yeni bir medeniyet kurmaları sosyo-kültürel bir tehdit olarak algılanmış ve teolojik önyargılar bu durumun oluşumunda belirleyici rol üstlenmiştir. Bu yüzden İslamofobi’nin teolojik kökenleri üzerine kapsamlı çalışmalar yapılması gerektiğini; İslamofobi’yi ele alırken temel problemin Doğu-Batı çatışması değil, Hristiyan dünyasının tarihsel bilinçaltının yansıması olan Anti-İslamizm (gerçeğinin/olgusunun) olduğu yönünde toplumsal farkındalığa bu tür çalışmaların katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
