Transferability, amplification quality, and genome specificity of microsatellites inBrassica carinata and related species

Márquez-Lema, Angustias; Velasco, Leonardo; Pérez‐Vich, Begoña

doi:10.1007/bf03195720

Cited by 11 publications

(3 citation statements)

References 17 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…In addition, the current linkage map mainly (88.4%) comprises SSR markers and has more SSR markers (710) than other published linkage maps of B. napus ( http://www.brassica.info/resource/maps/published-data.php ). These favourable characteristics will facilitate the easy transfer of these markers to other genetic populations and the comparison/integration of different linkage maps in B. napus as well as in other Brassica species 25 26 .…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Linkage and regional association analysis reveal two new tightly-linked major-QTLs for pod number and seed number per pod in rapeseed (Brassica napus L.)

Shi

Zhan

Yang

et al. 2015

Sci Rep

View full text Add to dashboard Cite

To facilitate the pseudochromosomes assembly and gene cloning in rapeseed, we developed a reference genetic population/map (named BnaZNF2) from two sequenced cultivars, Zhongshuang11 and No.73290, those exhibit significant differences in many traits, particularly yield components. The BnaZNF2 genetic map exhibited perfect collinearity with the physical map of B. napus, indicating its high quality. Comparative mapping revealed several genomic rearrangements between B. napus and B. rapa or B. oleracea. A total of eight and 16 QTLs were identified for pod number and seed number per pod, respectively, and of which three and five QTLs are identical to previously identified ones, whereas the other five and 11 are novel. Two new major QTL respectively for pod number and seed number per pod, qPN.A06-1 and qSN.A06-1 (R2 = 22.8% and 32.1%), were colocalised with opposite effects, and only qPN.A06-1 was confirmed and narrowed by regional association analysis to 180 kb including only 33 annotated genes. Conditional QTL analysis and subsequent NILs test indicated that tight linkage, rather than pleiotropy, was the genetic causation of their colocalisation. Our study demonstrates potential of this reference genetic population/map for precise QTL mapping and as a base for positional gene cloning in rapeseed.

show abstract

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Linkage and regional association analysis reveal two new tightly-linked major-QTLs for pod number and seed number per pod in rapeseed (Brassica napus L.)

Shi

Zhan

Yang

et al. 2015

Sci Rep

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…For the high transferability of SSR markers across the cultivated and wild Brassica species, 27,33,54,55 the developed genome-wide SSR markers from B. rapa (AA, 2n = 20), B. oleracea (CC, 2n = 18) and B. napus (AACC, 2n = 38) should also be useful for B. nigra (BB, 2n = 16), B. juncea (AABB, 2n = 36), B. carinata (BBCC, 2n = 34) and other Brassica species. In addition, according to the previous marker transferability research, 15,16,22,25 a considerable proportion of the newly developed genome-wide Brassica SSR markers (especially the genic SSR markers) should also be useful for the species that belong to other genera and tribes within the Brassicaceae family.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

Genome-Wide Microsatellite Characterization and Marker Development in the Sequenced Brassica Crop Species

Shi¹,

Huang²,

Zhan³

et al. 2013

DNA Research

View full text Add to dashboard Cite

Although much research has been conducted, the pattern of microsatellite distribution has remained ambiguous, and the development/utilization of microsatellite markers has still been limited/inefficient in Brassica, due to the lack of genome sequences. In view of this, we conducted genome-wide microsatellite characterization and marker development in three recently sequenced Brassica crops: Brassica rapa, Brassica oleracea and Brassica napus. The analysed microsatellite characteristics of these Brassica species were highly similar or almost identical, which suggests that the pattern of microsatellite distribution is likely conservative in Brassica. The genomic distribution of microsatellites was highly non-uniform and positively or negatively correlated with genes or transposable elements, respectively. Of the total of 115 869, 185 662 and 356 522 simple sequence repeat (SSR) markers developed with high frequencies (408.2, 343.8 and 356.2 per Mb or one every 2.45, 2.91 and 2.81 kb, respectively), most represented new SSR markers, the majority had determined physical positions, and a large number were genic or putative single-locus SSR markers. We also constructed a comprehensive database for the newly developed SSR markers, which was integrated with public Brassica SSR markers and annotated genome components. The genome-wide SSR markers developed in this study provide a useful tool to extend the annotated genome resources of sequenced Brassica species to genetic study/breeding in different Brassica species.

show abstract

“…Накопление информации по изменчивости микросателлитных локусов привело к созданию базы данных, где общее количество микросателлитных маркеров для видов рода Brassica L., включая B. oleracea, достигало 398 (7). С использованием этих данных были установлены и подтверждены генетические взаимосвязи между видами рода Brassica (8)(9)(10). Проведен генетический анализ внутри вида B. oleracea и получены сведения о взаимосвязях как между разновидностями капусты, так и среди сортов и селекционных линий (11)(12)(13)(14).…”

unclassified

ASSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY AMONG HEADED CABBAGE(Brassica oleracea L.) ACCESSIONS BY USING SSR MARKERS

Домблидес¹

2020

S-h. biol.

View full text Add to dashboard Cite

Из всех разновидностей капусты в Российской Федерации наиболее распространены традиционные сорта и гибриды капусты кочанной Brassica oleracea L. сonvar. capitata (L.). Классификация селекционного материала с использованием ДНК маркеров позволяет выделить ценные генотипы и установить между ними генетические взаимосвязи для последующей селекции на генетически отличимые формы. Микросателлитные маркеры (simple sequence repeats, SSR) широко используют для генетической идентификации и генотипирования сельскохозяйственных культур. Работы на B. oleracea L. показали их высокую эффективность по выявлению полиморфизма между разновидностями, сортами и внутри сортов. В настоящем исследовании мы впервые установили генетические взаимосвязи между селекционными образцами капусты кочанной отечественной селекции на основе полиморфизма микросателлитных локусов. При сравнении трех разновидностей обнаружена тесная генетическая близость между генотипами савойской и белокочанной капусты. Целью работы было выявление генетических взаимоотношений между селекционными образцами Brassica oleracea L. сonvar. capitata (L.) Alef. var. capitata L. f. alba, var. capitata L. f. rubra и var. sabauda L. на основе типирования и генетической классификации с помощью SSR маркеров, а также сопоставление данных ДНК-анализа с принадлежностью изученных генотипов к соответствующими сортотипам и группами спелости. Объектом исследования были 24 селекционных образца капусты кочанной из коллекции Федерального научного центра овощеводства (ФГБНУ ФНЦО), включая краснокочанную и савойскую разновидности, выведенные в ФГБНУ ФНЦО. Геномную ДНК выделяли из молодых листьев растений в фазу 2-3-го листа с использованием набора реагентов Сорб-ГМО-Б (ООО «Синтол», Россия). Для оценки чистоты и концентрации выделенной ДНК использовали спектрофотометр SmartSpec Plus («Bio-Rad», США). Для осуществления SSR-анализа отобрали 21 микросателлитный локус с известными последовательностями праймеров. Амплификацию осуществляли на приборе С1000 Touch («Bio-Rad», США). ПЦР-продукты разделяли методом вертикального электрофореза с использованием системы Sequi-Gen GT («Bio-Rad», США) в 6 % полиакриламидном секвенирующем геле. Размеры амплифицированных фрагментов определяли в сравнении с маркером молекулярных масс GeneRuler100 bp plus DNA ladder («Thermo Fisher Scientific», США). Полученные цифровые фотографии электрофореграмм анализировали в программе Image Lab 3.0 («Bio-Rad», США). Структуру популяции изучали в программе STRUCTURE 2.3.4 (https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/home.html). Расчет генетических расстояний проводили в программе GenAlEx 6.5 для Microsoft Excel по методу M. Nei. Для построения UPGMA дендрограммы использовали алгоритм программы MEGA5.2. В результате анализа получили 103 аллеля со средним показателем 4,9 на локус. Размеры продуктов амплификации составляли 130-410 п.н. Величина информационного полиморфизма (PIC) для праймеров варьировала от 0,3 до 0,9. Анализ популяции выявил, что все образцы распределились по шести основным кластерам. Генетические дистанции вар...

show abstract

Transferability, amplification quality, and genome specificity of microsatellites inBrassica carinata and related species

Cited by 11 publications

References 17 publications

Linkage and regional association analysis reveal two new tightly-linked major-QTLs for pod number and seed number per pod in rapeseed (Brassica napus L.)

Linkage and regional association analysis reveal two new tightly-linked major-QTLs for pod number and seed number per pod in rapeseed (Brassica napus L.)

Genome-Wide Microsatellite Characterization and Marker Development in the Sequenced Brassica Crop Species

ASSESSMENT OF GENETIC DIVERSITY AMONG HEADED CABBAGE(Brassica oleracea L.) ACCESSIONS BY USING SSR MARKERS

Contact Info

Product

Resources

About