Transcript profiling of transcription factor genes during silique development in Arabidopsis

Folter, Stefan de; Busscher, Jacqueline; Colombo, Lucia; Losa, Alessia; Angenent, Gerco C.

doi:10.1007/s11103-004-3473-z

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“…Previous information on transcriptional responses to CYP78A9 was obtained by de Folter et al (2004) in fruits, using a macroarray containing probes to analyze the expression of over 1,100 transcription factors. By means of a comparison between the microarray (this study) and the macroarray (de Folter et al, 2004) data, 28 down-regulated and 16 up-regulated genes were down-and up-regulated in both data sets, respectively (Supplemental Table S3).…”

Section: Microarray Expression Analysis In the Es1-d Mutantmentioning

confidence: 99%

“…By means of a comparison between the microarray (this study) and the macroarray (de Folter et al, 2004) data, 28 down-regulated and 16 up-regulated genes were down-and up-regulated in both data sets, respectively (Supplemental Table S3). Among these, we found a series of transcription factors that could be related to the altered phenotypes seen in the es1-D mutant.…”

Section: Microarray Expression Analysis In the Es1-d Mutantmentioning

confidence: 99%

“…The Arabidopsis transposon activation-tagged mutant empty siliques (es1-D) overexpresses the cytochrome P450 CYP78A9 gene and is characterized by the development of parthenocarpic fruits (Marsch-Martinez et al, 2002;de Folter et al, 2004). When crossed to wild-type plants, it results in the formation of viable seed.…”

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confidence: 99%

“…S1; Marsch-Martinez et al, 2002;de Folter et al, 2004), androecia and gynoecia developed in an uncoordinated manner; anthers dehisce later than in wildtype Arabidopsis plants, resulting in a lack of pollination (Fig. 1).…”

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confidence: 99%

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Cytochrome P450CYP78A9Is Involved in Arabidopsis Reproductive Development

Sotelo-Silveira¹,

Cucinotta

Chauvin³

et al. 2013

Plant Physiology

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Synchronized communication between gametophytic and sporophytic tissue is crucial for successful reproduction, and hormones seem to have a prominent role in it. Here, we studied the role of the Arabidopsis (Arabidopsis thaliana) cytochrome P450 CYP78A9 enzyme during reproductive development. First, controlled pollination experiments indicate that CYP78A9 responds to fertilization. Second, while CYP78A9 overexpression can uncouple fruit development from fertilization, the cyp78a8 cyp78a9 loss-of-function mutant has reduced seed set due to outer ovule integument development arrest, leading to female sterility. Moreover, CYP78A9 has a specific expression pattern in inner integuments in early steps of ovule development as well as in the funiculus, embryo, and integuments of developing seeds. CYP78A9 overexpression did not change the response to the known hormones involved in flower development and fruit set, and it did not seem to have much effect on the major known hormonal pathways. Furthermore, according to previous predictions, perturbations in the flavonol biosynthesis pathway were detected in cyp78a9, cyp78a8 cyp78a9, and empty siliques (es1-D) mutants. However, it appeared that they do not cause the observed phenotypes. In summary, these results add new insights into the role of CYP78A9 in plant reproduction and present, to our knowledge, the first characterization of metabolite differences between mutants in this gene family.Angiosperms have evolved the processes of double fertilization and fruit development as pivotal steps of their survival and dispersal strategies. Pollination and fertilization are essential for fruit initiation, considering that the angiosperm flower initiates terminal senescence and abscission programs if pollination has not taken place (Vivian-Smith et al., 2001; Fuentes and VivianSmith, 2009). For centuries, humans endeavored to prevent this association in order to develop seedless fruits. Most research has concentrated on the role of endogenous phytohormones as triggers for fruit initiation after fertilization, and different strategies such as exogenous application or artificial overproduction of plant hormones (Fuentes and Vivian-Smith, 2009), mutation, and misexpression of specific genes have been tested. The principal lines of evidence suggest that increased auxin and GA content in ovules and ovary leads to parthenocarpic fruits in Arabidopsis (Arabidopsis thaliana;

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Section: Microarray Expression Analysis In the Es1-d Mutantmentioning

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Section: Microarray Expression Analysis In the Es1-d Mutantmentioning

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Cytochrome P450CYP78A9Is Involved in Arabidopsis Reproductive Development

Sotelo-Silveira¹,

Cucinotta

Chauvin³

et al. 2013

Plant Physiology

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“…Esto ha permitido descubrir la expresión de más de 1100 factores de transcripción durante el desarrollo del fruto (de Folter et al, 2004).…”

Section: Fases Del Desarrollo Del Frutounclassified

Análisis del cuajado y desarrollo partenocárpico del fruto en solanáceas: identificación de genes implicados

Bañuls¹

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AGRADECIMIENTOSCuando miro hacia atrás me sorprendo de haber llegado hasta aquí, y me doy cuenta de que no lo habría conseguido sin el apoyo de mucha gente que ha estado ahí para ayudar y a la que tengo mucho que agradecer.En primer lugar querría agradecer a mis directores de tesis la dedicación que me han prestado. Al Dr. Fernando Nuez quiero agradecerle la oportunidad que me brindó de trabajar en el COMAV y de desarrollar esta tesis. Al Dr. Joaquín Cañizares le estoy muy agradecida por haber estado ahí en todo momento, para enseñar y aconsejar, sin su apoyo no habría llegado hasta aquí.Me gustaría agradecer todo el apoyo que he recibido de la gente del departamento de Bioinformática del CIPF, a Ana Conesa y a Stefan Goetz por su ayuda con la anotación del los microarrays, y a Fatima Al-Shahrour por implantar nuestra anotación en el Babelomics. También me gustaría agradecer a Montse Plomer y María García su ayuda el el invernadero, y a Jose Blanca su apoyo con toda la parte bioinformática.Además hay un montón de amigos y compañeros del COMAV que en un momento u otro me han ayudado con dudas varias o simplemente estando ahí para hablar y compartir los momentos más duros. Muchas gracias a Elena, Laura C, Laura A, Montse y Toya con las que he tenido el privilegio de compartir parte del camino. También a todos los que siguen por aquí dando guerra Pascual, Inma, Peio, Cris, Carmelo, Ana P, Nuria, Mariola, Javi, Alicia, Santi, Ana A... Para no dejarme a nadie mil gracias a todos.Muchas gracias a toda mi familia, por aguantar lo peor de los nervios, en especial a mi madre y Oti por todas las fiambreras sin las que no habría sobrevivido. Y por supuesto muchas gracias a Robert por apoyarme en todo momento y creer en mi mas que yo.A mi abuela Amparo RESUMEN El cuajado del fruto es uno de los procesos más importantes del desarrollo vegetal, de él dependen la reproducción y propagación de la planta, cuando se trata de especies silvestres, y la producción en el caso de las especies cultivadas. El estudio de los genes regulados durante este proceso es crucial para comprender mejor los mecanismos implicados y mejorar el cuajado, especialmente en condiciones ambientales adversas. El tomate, Solanum lycopersicum, además de ser uno de los principales cultivos de hortalizas, ha sido ampliamente utilizado en investigación, tanto básica como aplicada. Sin embargo, la mayoría de estudios del desarrollo del fruto en esta especie se han centrado en los procesos que tienen lugar durante la maduración y no han abordado el estudio del cuajado a gran escala. En este sentido, el estudio de materiales con capacidad partenocárpica tiene especial interés, facilita el estudio del cuajado sin interferencia de los procesos relacionados con el desarrollo del embrión y posibilita el estudio de los estadios tempranos del desarrollo del fruto independientemente de la polinización. Además, el empleo de estos materiales en la mejora es especialmente ventajoso puesto que permite obtener frutos incluso en ausencia de polinización y fecundación. En tomat...

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Control of Primary Metabolism in Plants

Plaxton¹,

McManus²

2006

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Evaluation of the transcriptome and genome to inform the study of metabolic control in plants OLIVER THIMM, OLIVER E. BLÄSING, BJORN USADEL and YVES GIBON 2.3.3 Mitochondrial and chloroplast proteomes 2.3.4 Other subcellular proteomes 2.3.5 A stamp of authenticity for the subcellular protein postcode? 2.4 Quantitative analyses of the proteome 2.4.1 Examples of quantitative proteomics 2.4.2 The use of high-throughput measurements of enzyme activity as a proxy for quantitative proteomics 2.5 The use of proteomics to investigate post-translational modification of proteins 2.5.1 Systematic identification of phosphorylated proteins 2.5.2 Systematic identification of protein redox modifications 2.6 The use of proteomics to investigate protein-protein interactions 2.7 Future perspectives References

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Transcript profiling of transcription factor genes during silique development in Arabidopsis

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Cytochrome P450CYP78A9Is Involved in Arabidopsis Reproductive Development

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Análisis del cuajado y desarrollo partenocárpico del fruto en solanáceas: identificación de genes implicados

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