Towards an e-infrastructure for Open Science in Soils Security

Abstract

Soils Security is a critical and growing global concern. The OpenSoils´ objective is to host, connect and share large amounts of curated soil data and knowledge at the Brazilian and South America level. The e-infrastructure consists of several layers of services, a database of soil profiles, a cloud-based computational framework to compute and share soil data integrated with a map visualization tools. OpenSoils is open, elastic, provenance-oriented and lightweight computational e-infrastructure that collects, stores, describes, curates, harmonizes and directs to various soil resource types: large datasets of soils profiles, services/applications, documents, projects and external links. OpenSoils is the first open science-based computational framework of soils security in the literature.

Integração de Data Lakes Pedológicos através de Workflows ETLH

“…Como contribuição, este trabalho discute o uso de workflows de Extração-Transformação-Carga-Harmonização (Extraction-Transformation-Load-Harmonization -ETLH) que mapeiam a taxonomia SiBCS no contexto de tratamento de dados legados de projetos pedológicos. Os workflows e experimentos foram capazes de tratar e carregar grandes volumes de dados pedológicos herdados, transformando-os em dados harmonizados e anotados com proveniência retrospectiva (que consiste na captura os dados das etapas que foram executadas e informações sobre este ambiente) e carregando-os diretamente na plataforma OpenSoils [Cruz et al, 2018[Cruz et al, , 2019.…”

“…A pedologia é a ciência que estuda as origens, morfologia, classificações e propriedades físico-químico-biológicas dos solos do planeta [Santos, 2018]. Do ponto de vista da computação, é uma ciência tão intensiva em dados quanto a bioinformática [Cruz et al 2018].…”

Desenvolvendo Sistemas Agrícolas de Próxima Geração: Um Estudo em Ciência de Solos

“…Segundo [Cruz et al 2018a[Cruz et al 2018b, os dados oriundos do solo podem ser avaliados em três ambientes distintos, a saber: diretamente no campo (in situ), nos laboratórios (in vitro) e nos ambientes computacionais (in silico). Os dados primários são coletados diretamente no campo com equipamentos/técnicas/experimentos específicos através de exames dos perfis ou tradagens 1 .…”

“…OpenSoils é uma plataforma voltada para agricultura digital (rural e urbana) que pode ser facilmente utilizada pela área de Ciência de Solos. OpenSoils é uma plataforma elástica, distribuída, multiusuário, multicamada e orientada para organizar grandes volumes de dados de solos juntamente com sua proveniência e curadoria [Cruz et al 2018aCruz et al 2018b. OpenSpoils é composto por um conjunto de módulos e serviços concebidos para terem baixo acoplamento, alta disponibilidade e operar em nuvens híbridas de computadores e tirar proveito das forças norteadoras elencadas na Seção 2.…”

“…Neste trabalho, apresentamos e avaliamos um serviço de um SAPG, chamado OpenSoils Edu, que é voltado para gestão de dados pedológicos. OpenSoils é uma das primeiras infraestruturas de agricultura digital, disponíveis na literatura, voltados para as Ciências de solos e que incorpora os conceitos de e-Ciência, Agricultura de Precisão e Segurança de Solos [Cruz et al 2018a].…”