Introducción: La historia familiar de enfermedad tiroidea (HFET) como factor de riesgo para hipotiroidismo congénito (HC), en síndrome de Down (SD) aún no ha sido explorada. Objetivo: Determinar si la HFET está asociada a mayor riesgo de HC en neonatos con SD. Método: Estudio de casos y controles en 220 neonatos con SD. Se compararon las pruebas de función tiroidea (PFT) de 37 con SD e HFET (casos), frente a las PFT de 183 recién nacidos con SD sin HFET (grupo de referencia). Se realizó análisis de regresión logística multivariante y se calculó la razón de momios (RM) y sus respectivos intervalos de confianza del 95 % (IC 95 %). Resultados: Nueve casos HC (4.1 %). El HC mostró asociación con la HFET (RMa = 8.3, IC 95 %: 2.0-34.3), particularmente en los varones (RMa = 9.0,). La ausencia de HFET tuvo una RM de protección para HC (RMa = 0.4, IC 95 %: 0.1-0.8). Conclusiones: La HFET puede es una estrategia fácil y accesible para identificar pacientes con SD con mayor riesgo de HC.