Objetivos: investigar los biotipos de S. mutans aislados de niños con y sin caries dentaly determinar su susceptibilidad antimicrobiana. Métodos: este estudio observacionaldescriptivo incluyó 206 niños entre los 3 y 5 años de dos preescolares en Bogotá, D.C., Colombia. Después de su aislamiento en agar Mitis Salivarius Bacitracina, lascepas S. mutans se identificaron por pruebas bioquímicas y se biotipificaron por elsistema api-ZYM. En todos los aislamientos se determinó por el método de diluciónenvagar la concentración inhibitoria mínima (CIM) de Penicilina, Amoxicilina, Cefazolina, Eritromicina, Clindamicina, Imipenem, Vancomicina y Teicoplanina.Resultados: Se encontró S. mutans en 30 de los 79 niños sin caries dental (38%) y en56 de los 127 niños con caries (44,1%). Los niños con caries presentaron un recuentosuperior de S. mutans en comparación con los niños sin caries (p < 0,05). En totalse identificaron 121 cepas de S. mutans en los 86 niños: 43 cepas en los 30 niños sincaries dental y 78 en los 56 niños con caries dental. Las 121 cepas fueron agrupadasen 38 biotipos: 24 en el grupo de caries y 14 en el grupo sin caries. En el grupo decaries los biotipos más frecuentes fueron el XV, XI, XII y XVII, respectivamente,con 26, 12, 11 y 4 cepas y en el grupo sin caries los biotipos más frecuentes fueronel XXVI, XX y XXXVI, respectivamente, con 14, 8 y 7 cepas. Todos los biotipos