The Ribosomal Elongation Cycle

Abstract

Originally published in: Protein Synthesis and Ribosome Structure. Edited by Knud H. Nierhaus and Daniel N. Wilson. Copyright © 2004 Wiley‐VCH Verlag GmbH & Co. KGaA Weinheim. Print ISBN: 3‐527‐30638‐1 The sections in this article are Introduction Models of the Elongation Cycle The Hybrid‐site Model for Elongation The Allosteric Three‐site Model (α–ɛ Model; Reciprocal Coupling between the A‐ and E‐sites) Decoding and A‐site Occupation Some General Remarks about Proofreading Discrimination against Noncognate aa‐tRNAs Decoding of an aa‐tRNA (Cognate versus Near‐cognate aa‐tRNAs) Roles of EF‐Tu Mimicry at the Ribosomal A‐site Translational Errors The PTF Reaction A Short Intermission: Two Enzymatic Principles of PTF Activity Chemical Concept: A Transient Covalent Bond between Active Center and Substrate(s) Physical Concept: The Template Model Data from the Crystal Structures Why both the Physical and Chemical Concepts for Peptide‐bond Formation? The Translocation Reaction Conservation in the Elongation Factor‐G Binding Site Dynamics within the Ribosome

Επίδραση Ορισμένων Ριβοσωματικών Και Εξωριβοσωματικών Μεταλλάξεων Επί Των Καταλυτικών Ιδιοτήτων Και Του Κέντρου Ακρίβειας Του Ευκαριωτυκού Ριβοσώματος

“…Μοντέλα για το rRNA, τις ριβοσωματικές πρωτεΐνες και του tRNA επιτρέπουν την κατανόηση των αλληλεπιδράσεων των μορίων αυτών με το ριβόσωμα. Ένα μικρό κομμάτι του tRNA αλληλεπιδρά με την 40S υπομονάδα της ζύμης (Nierhaus et al, 2000). Ο κορμός και η θηλειά του αντικωδικίου τοποθετείται ανάμεσα στην κεφαλή και το σώμα/πλατφόρμα της 40S υπομονάδας (Εικόνα 2e).…”