The nucleotide sequence of cowpea mottle virus and its assignment to the genus Carmovirus

Abstract

The genome of cowpea motile virus (CPMoV) is a positive ssRNA of 4029 nucleotides with six major open reading frames (ORFs). A non-coding region of 34 nucleotides precedes the first AUG. ORF1 encodes a 25 kDa polypeptide of unknown function and ORF2 encodes a 56 kDa putative RNA replicase. Like other members of carmoviruses, suppression of the amber termination codon of ORF1 would produce a readthrough polypeptide of 83 kDa. ORF3 and ORF4 encode two small proteins of 7"8 and 9"8 kDa, respectively. ORF5 encodes the 40 kDa capsid protein.ORF6 is located within ORF5 but is in a different frame and has no postulated function. CPMoV RNA is blocked at the 5' end and is not polyadenylated at the 3' end.

A Six-Nucleotide Segment within the 3′ Untranslated Region of Hibiscus Chlorotic Ringspot Virus Plays an Essential Role in Translational Enhancement

“…This primary sequence was conserved in carmoviruses such as cardamine chlorotic fleck virus (33), cowpea mottle virus (47), melon necrotic spot virus (30), carnation mottle virus (10), saguaro cactus virus (44), TCV (2), and other plant viruses lacking a poly(A) tail. The potential binding of the 3Ј FIG.…”

Análisis de relaciones estructura-función en el virus del arabesco del Pelargonium.

“…Actualmente se conoce la secuencia completa de una especie provisional del género, el virus de la necrosis del tallo del guisante (Pea stem necrosis virus, PSNV) (Suzuki et al, 2002), y de diez especies definitivas: CarMV (Guilley et al, 1985), TCV (Carrington et al, 1989), MNSV (Riviere y Rochon, 1990), virus del salpicado clorótico del cardamomo (Cardamine chlorotic fleck virus, CCFV) (Skotnicki et al, 1993), CPMoV (You et al, 1995), virus del cactus Saguaro (Saguaro cactus virus, SCV) (Weng y Xiong, 1997), virus del mosaico del Galisonga (Galisonga mosaic virus, GaMV) (Ciuffreda et al, 1998), HCRSV (Huang et al, 2000), virus de los anillos necróticos del iris japonés (Japanese iris necrotic ring virus, JINRV) (Takemoto et al, 2000) y PFBV (Rico y Hernández, 2004). Además, también se conoce la secuencia completa del virus del aclaramiento de las venas del lupino Nootka (Nootka lupine vein-clearing virus, NLVCV), y del virus de la rotura del color de la flor de la angelonia (Angelonia flower break virus, AnFBV) que han sido propuestos como nuevas especies de este género (Adkins et al, 2006;Robertson et al, 2007).…”

“…Además de estas ORFs adicionales en el HCRSV, se ha postulado la existencia de una ORF de función desconocida en el CPMoV (You et al, 1995). Cabe señalar también que la ORF2 del CarMV posee un codón de terminación débil que podría permitir la lectura hasta un codón de terminación fuerte situado aguas abajo en el gRNA.…”

“…Por otro lado, mediante experimentos de génetica reversa se ha llegado a la conclusión de que la p27 está implicada en la exacerbación de los síntomas inducidos por el virus en su huésped natural, mientras que la p25 probablemente esté asociada al movimiento sistémico del patógeno . Además de estas ORFs adicionales en el HCRSV, se ha postulado la existencia de una ORF de función desconocida en el CPMoV (You et al, 1995). Cabe señalar también que la ORF2 del CarMV posee un codón de terminación débil que podría permitir la lectura hasta un codón de terminación fuerte situado aguas abajo en el gRNA.…”

Análisis Funcional De Proteínas Codificadas Por El Virus De La Rotura Del Color De La Flor Del Pelargonium

“…Por su parte, las proteínas p27 y p25 se han relacionado, respectivamente, con el aumento en la severidad de los síntomas y con el movimiento sistémico del patógeno [Zhou et al, 2006a]. En otros carmovirus, como el CPMoV, también se ha predicho la existencia de una ORF adicional de función desconocida, situada hacia el extremo 3´ proximal y dentro del gen de la CP [You et al, 1995]. Asimismo, un codón de terminación débil situado tras la ORF 2 del CarMV podría permitir la lectura a través dando lugar a una proteína de 98 kDa que ha podido ser detectada en ensayos de traducción in vitro, aunque su relevancia in vivo no ha sido demostrada [Harbison et al, 1985].…”