Agama dan rasionalitas merupakan dua cara pandang yang memiliki pengaruh yang kuat. Manusia memandang nilai-nilai agama dan nilai-nilai rasional sebagai entitas yang berbeda sehingga menyebabkan paradigma
dikotomi khususnya dalam ranah pendidikan. Namun, justru lembaga pendidikan perlu terintegrasi materi pendidikan agama khususnya agama Islam dalam memberikan nilai-nilai rasional pada siswa menengah pertama. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penerapan materi ilmu pendidikan agama Islam dalam nilai-nilai rasional pada siswa sekolah menengah pertama. Adapun metode penelitian yang dipakai adalah studi kepustakaan. Hasilnya menunjukkan bahwa integrasi materi PAI ke dalam ilmu rasional dalam tataran filosofis harus sudah terdapat pada visi dan misi untuk menjadi sekolah unggulan pada aspek ilmu pengetahuan, teknologi, keimanan, dan ketakwaan; di tingkat material, PAI ditemukan untuk ilmu sosial, ilmu alam, matematika, dan kewarganegaraan; dalam tataran strategi pembelajaran, para guru mengutip ayat-ayat al-qur an, hadits, dan tafsirnya di atas panggung proses pembelajaran pembelajaran IPA rasional yang berdampak pada peningkatan kemampuan berpikir kreatif, inovatif, kritis, dan belajar motivasi bagi para siswa. Integrasi tersebut juga memperluas pemahaman bahwa Islam qua sumber ilmu dan nilai rasional sebagaimana dijelaskan dalam al-Qur’an dan hadits mendidik mereka untuk mempraktekkan dan mengkontekstualisasikan pengetahuan mereka melalui sikap dan perilaku di sekolah, dan dalam kehidupan sehari-hari.