The Multicolor Fluorescence in Situ Hybridization (mFISH) Homepage

Liehr, Thomas

doi:10.2478/v10034-008-0014-0

Cited by 4 publications

(3 citation statements)

References 10 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…When FISH-probe sets are being applied to metaphase nuclei, it is desirable to obtain clear signals on well-spread chromosomes, which optimally should be identifiable by an inverted DAPI-banding pattern. Inverted DAPI banding is almost identical to the GTG-banding pattern (Henegariu et al, 2001;Liehr, 2022). Quality DAPI banding makes it possible to verify (i) that the correct FISH probe has been used and (ii) that the probe is located on the expected chromosome or was relocated to another chromosome due to a rearrangement (Coullin, Philippe, Ravise, and Bernheim, 1999).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 88%

How to Obtain High‐Quality Metaphase Spreads for Molecular Cytogenetics

et al. 2022

View full text Add to dashboard Cite

Interphase or metaphase nuclei can be accessed in molecular cytogenetic analyses. Metaphase spreads are routinely studied by fluorescence in situ hybridization (FISH) to answer clinical genetic questions. Even though metaphase quality is essential for FISH studies, there is limited ability in clinical cases to improve the quality of cytogenetic preparations. However, the quality of preps is important for the exact localization of FISH signals, which is necessary to identify individual chromosomes and chromosomal sub-regions using inverted DAPI banding. Here we present an efficient and easy-to-perform variant of standard slide pretreatment before a normal FISH procedure. This method reproducibly leads to solid, "steel," nonfuzzy, and well-DAPI-banded metaphases. This protocol works in blood lymphocyte and amniotic fluidderived fibroblasts.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 88%

How to Obtain High‐Quality Metaphase Spreads for Molecular Cytogenetics

et al. 2022

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Since the optimal strategies for genetic counseling and clinical management depend on the characteristics of sSMCs, it is vitally important to precisely characterize sSMCs in order to obtain additional information regarding their phenotypic effects. To this end, several fluorescent in situ hybridization (FISH)-based techniques have been developed over the years [5] for determining the origin of sSMCs and allowing breakpoint characterization, at least in cases of larger euchromatic SMCs. These methods include multicolor FISH (M-FISH) [6], spectral karyotyping (SKY) [7], centromere- and subcentromere-specific M-FISH (cenM-FISH and subcenM-FISH) [3,8,9], multicolor banding [10], and microdissection followed by reverse FISH [11,12].…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Design and validation of a pericentromeric BAC clone set aimed at improving diagnosis and phenotype prediction of supernumerary marker chromosomes

et al. 2013

View full text Add to dashboard Cite

BackgroundSmall supernumerary marker chromosomes (sSMCs) are additional, structurally abnormal chromosomes, generally smaller than chromosome 20 of the same metaphase spread. Due to their small size, they are difficult to characterize by conventional cytogenetics alone. In regard to their clinical effects, sSMCs are a heterogeneous group: in particular, sSMCs containing pericentromeric euchromatin are likely to be associated with abnormal outcomes, although exceptions have been reported. To improve characterization of the genetic content of sSMCs, several approaches might be applied based on different molecular and molecular-cytogenetic assays, e.g., fluorescent in situ hybridization (FISH), array-based comparative genomic hybridization (array CGH), and multiplex ligation-dependent probe amplification (MLPA).To provide a complementary tool for the characterization of sSMCs, we constructed and validated a new, FISH-based, pericentromeric Bacterial Artificial Chromosome (BAC) clone set that with a high resolution spans the most proximal euchromatic sequences of all human chromosome arms, excluding the acrocentric short arms.ResultsBy FISH analysis, we assayed 561 pericentromeric BAC probes and excluded 75 that showed a wrong chromosomal localization. The remaining 486 probes were used to establish 43 BAC-based pericentromeric panels. Each panel consists of a core, which with a high resolution covers the most proximal euchromatic ~0.7 Mb (on average) of each chromosome arm and generally bridges the heterochromatin/euchromatin junction, as well as clones located proximally and distally to the core. The pericentromeric clone set was subsequently validated by the characterization of 19 sSMCs. Using the core probes, we could rapidly distinguish between heterochromatic (1/19) and euchromatic (11/19) sSMCs, and estimate the euchromatic DNA content, which ranged from approximately 0.13 to more than 10 Mb. The characterization was not completed for seven sSMCs due to a lack of information about the covered region in the reference sequence (1/19) or sample insufficiency (6/19).ConclusionsOur results demonstrate that this pericentromeric clone set is useful as an alternative tool for sSMC characterization, primarily in cases of very small SMCs that contain either heterochromatin exclusively or a tiny amount of euchromatic sequence, and also in cases of low-level or cryptic mosaicism. The resulting data will foster knowledge of human proximal euchromatic regions involved in chromosomal imbalances, thereby improving genotype–phenotype correlations.

show abstract

“…Στην παρούσα μελέτη ανάλυση UPD έγινε στις περιπτώσεις όπου το sSMC προερχόνταν από ένα από τα χρωμοσώματα που συνδέονται συχνότερα με UPD. Έχει ήδη περιγραφεί η σχέση των μικρών χρωμοσωμάτων -δεικτών και της μονογονεϊκής δισωμίας, δηλαδή της κληρονόμησης και των δύο ομόλογων χρωμοσωμάτων μόνο από τον ένα γονέα (Kotzot 2002;Shaffer et al 2001, Liehr 2011. Η UPD για ορισμένα χρωμοσώματα δεν δημιουργεί κλινικές επιπτώσεις (Eggeling et al 2002) αλλά, για άλλα έχει ως αποτέλεσμα παθολογικό φαινότυπο.…”

Section: δ) ανάλυση Updunclassified

Χαρακτηρισμός Υπεράριθμων Χρωμοσωμάτων - Δεικτών Στον Προγεννητικό Έλεγχο

Manolakos¹,

Μανωλάκος²

View full text Add to dashboard Cite

Τα μικρά υπεράριθμα χρωμοσώματα-δείκτες (sSMCs) ορίζονται ως δομικές χρωμοσωμικές ανωμαλίες, μεγέθους ίσου ή μικρότερου από το χρωμόσωμα 20 που δεν μπορούν να χαρακτηρισθούν και να ταυτοποιηθούν με τις κλασικές κυτταρογενετικές τεχνικές. Ένα sSMC μπορεί να εμφανίζεται σε καρυότυπο με (1) 46 φυσιολογικά χρωμοσώματα, (2) αριθμητικές ανωμαλίες (π.χ. Turner syndrome ή Down syndrome), ή (3) δομικές ισοζυγισμένες ανωμαλίες. Τα sSMCs εμφανίζονται με συχνότητα 0.075% σε μη επιλεγμένα περιστατικά προγεννητικού ελέγχου ενώ μόνο 0.044% σε μεταγεννητικά περιστατικά. Η συχνότητα των sSMC στα περιστατικά προγεννητικού ελέγχου με υπερηχογραφικές ανωμαλίες είναι τουλάχιστον πέντε φορές μεγαλύτερη από ότι στα νεογνά και τουλάχιστον τρεις φορές υψηλότερη από ότι στα μη επιλεγμένα προγεννητικά περιστατικά. Επίσης 0.288% των ασθενών με αναπτυξιακή/νοητική υστέρηση έχουν ένα sSMC. Περίπου το 70% των de novo sSMC δεν έχει φαινοτυπικές επιπτώσεις. Ο κίνδυνος για φαινοτυπικές ανωμαλίες σε περιπτώσεις προγεννητικής εντόπισης ανέρχεται περίπου στο 13%. Αυτό εξαρτάται τόσο από την προέλευση του χρωμοσώματος-δείκτη, όσο και από το εάν εμφανίζεται για πρώτη φορά στο έμβρυο (de novo), ή είναι οικογενής (familial). Ο κίνδυνος μπορεί να κυμαίνεται από 7% όταν το de novo sSMCs προέρχεται από τα χρωμοσώματα 13, 14, 15, 21 και 22, έως το 28% για τα μη ακροκεντρικά χρωμοσώματα. Επίσης, περισσότερα από 98% των κληρονομούμενων sSMC είναι χωρίς φαινοτυπικές επιπτώσεις. Στον προγεννητικό έλεγχο το 16% των sSMC έχει κλινικές επιπτώσεις. Πιο συγκεκριμένα ο κίνδυνος για φαινοτυπικές ανωμαλίες ανέρχεται στο 10.9% για τα sSMC που προέρχονται από ακροκεντικά χρωμοσώματα και φθάνει στο 14% για τα μη ακροκεντρικά sSMC.Δεν γνωρίζουμε πάρα πολλά σχετικά με τον ακριβή τρόπο σχηματισμού των sSMC και είναι ιδιαίτερα ασαφές, πού, γιατί και πότε δημιουργείται ένα sSMC, κατά την διάρκεια της γαμετογένεσης ή της εμβρυογένεσης. Πάντως, υπάρχουν διάφορα μοντέλα του πώς δημιουργούνται οι διάφορες μορφές sSMC. Αυτές οι θεωρίες βασίζονται στα ευρήματα από το UPD και στην παρατήρηση ότι τα sSMCs μπορεί να δημιουργούνται από ατελή διόρθωση της τρισωμίας. Συνολικά, ένα sSMC σχηματίζεται από τον συνδυασμό δύο ή περισσοτέρων συμβάντων κατά της διάρκεια της γαμετογένεσης ή της εμβρυογένεσης.Κλασικά, η παρουσία ενός sSMC σε ένα ασθενή τεκμηριώνεται με την ζώνωση και ανάλυσή των χρωμοσωμάτων, είτε στο περιφερικό αίμα, είτε στο αμνιακό υγρό ή στις χοριακές λάχνες. Εάν με την κυτταρογενετική ανάλυση παρατηρηθεί ένα sSMC, τότε αυτό πρέπει να χαρακτηρισθεί περαιτέρω με μοριακές κυτταρογενετικές τεχνικές. Σήμερα με την ανάπτυξη της μοριακής κυτταρογενετικής και την χρήση των array-CGH μπορούν να χαρακτηριστούν σχεδόν όλες οι χρωμοσωμικές ανισοζυγίες.Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν να διερευνηθούν πλήρως τα sSMCs που εντοπίζονται σε δείγματα προγεννητικού ελέγχου, προκειμένου να δοθεί σωστή πρόγνωση και γενετική συμβουλευτική. Απώτερος στόχος της μελέτης ήταν να γίνει συσχέτιση του γονότυπου με το φαινότυπο, και ειδικότερα με τα υπερηχογραφικά ευρήματα αλλά και την κλινική εικόνα του νεογνού σε περιπτώσεις συνέχισης της κύησης. Συγκεκριμένα, η μελέτη εστιάστηκε στο χαρακτηρισμό και ταυτοποίηση των χρωμοσωμάτων δεικτών σε δείγματα προγεννητικού ελέγχου και συγχρόνως στη μελέτη της παρουσίας ή όχι ευχρωματικής περιοχής, εφαρμόζοντας τεχνικές κλασικής κυτταρογενετικής και τεχνικές μοριακής κυτταρογενετικής (φθορίζων in situ υβριδισμός, FISH και array-CGH).Παράλληλα μελετήθηκε η παρουσία ή όχι μονογονεϊκής δισωμίας (UPD), εστιάζοντας στα χρωμοσώματα δείκτες των οποίων η προέλευσή ήταν από χρωμοσώματα που εμπλέκονται σε μονογονεϊκή δισωμία. Για το σκοπό αυτό έγινε μοριακή ανάλυση για την ύπαρξη ή όχι μονογονεϊκής δισωμίας στα περιστατικά με υπεράριθμο μικρό χρωμόσωμα-δείκτη που έχουν αυξημένο κίνδυνο για UPD. Χαρακτηρίσθηκαν επιτυχώς 42 χρωμοσώματα δείκτες που εντοπίσθηκαν σε περίπου 50.000 προγεννητικά δείγματα αμνιακού υγρού και χοριακών λαχνών. Τα αποτελέσματα της παρούσας διδακτορικής διατριβής, ανέδειξαν τη συμβολή των μοριακών κυτταρογενετικών τεχνικών (FISH και array-CGH) στον ακριβή χαρακτηρισμό των μικρών χρωμοσωμάτων – δεικτών μετά τον εντοπισμό τους στον προγεννητικό έλεγχο. Χρησιμοποιώντας τεχνικές FISH και array-CGH στην παρούσα μελέτη κατορθώσαμε να χαρακτηρίσουμε επιτυχώς και τα 42 sSMCs που ανιχνεύθηκαν με την κλασσική κυτταρογενετική. Εκτός από την χρωμοσωμική προέλευση του sSMC προσδιορίσθηκε η παρουσία ή όχι ευχρωματίνης, το μέγεθος αυτής και ο αριθμός των γονιδίων που περιέχει. Συνολικά 19/42 (45%) περιπτώσεις από την συγκεκριμένη μελέτη συνδέονται με σημαντικά κλινικά ευρήματα. Αποτέλεσμα αυτών είναι να δοθούν σωστές γενετικές συμβουλές στα ζευγάρια.Στη παρούσα μελέτη εάν χρησιμοποιείτο μόνο η τεχνική array-CGH δεν θα είχαν ανιχνευθεί 16 περιπτώσεις sSMCs που αποτελούντο αποκλειστικά από ετεροχρωματικό υλικό. Στις 12/16 περιπτώσεις τo sSMC προέρχονταν από χρωμοσώματα όπως το 14 ή το 15 που ήταν απαραίτητη η ανάλυση UPD. Αντίθετα η μη χρησιμοποίηση των array-CGH δεν θα αποκάλυπτε την πολυπλοκότητα κάποιων sSMCs ούτε τον λεπτομερή χαρακτηρισμό αυτών των sSMCs, με αποτέλεσμα να μην υπάρχει σαφής εικόνα για την πρόγνωση και την γενετική συμβουλευτική. Η εκτεταμένη εφαρμογή του array-CGH αποκαλύπτει περισσότερες εκπλήξεις και πιθανόν να διαφοροποιηθεί η άποψη σχετικά με τη σύνθεση των υπεράριθμων χρωμοσωμάτων δείκτων. Συμπερασματικά η μοριακή κυτταρογενετική (FISH, array-CGH) σε συνδυασμό με άλλες μοριακές τεχνικές (UPD) μπορεί να παράσχει πολύτιμες πληροφορίες σχετικά με την χρωμοσωμική προέλευση και τη σύνθεση των χρωμοσωμάτων δεικτών στην προγεννητική διάγνωση. Με τη νέα τεχνολογία array-CGH είναι δυνατό να χαρακτηριστεί πλήρως το γενετικό περιεχόμενο του κάθε δείκτη και, σε ειδικές περιπτώσεις, να περιγραφεί και να προβλεφθεί ο πιθανός κλινικός φαινότυπος.

show abstract

The Multicolor Fluorescence in Situ Hybridization (mFISH) Homepage

Cited by 4 publications

References 10 publications

How to Obtain High‐Quality Metaphase Spreads for Molecular Cytogenetics

How to Obtain High‐Quality Metaphase Spreads for Molecular Cytogenetics

Design and validation of a pericentromeric BAC clone set aimed at improving diagnosis and phenotype prediction of supernumerary marker chromosomes

Χαρακτηρισμός Υπεράριθμων Χρωμοσωμάτων - Δεικτών Στον Προγεννητικό Έλεγχο

Contact Info

Product

Resources

About