RESUMO: O desenvolvimento da Fisioterapia, aliado às mudanças na educação e na saúde, faz com que a autonomia e os dilemas éticos do fisioterapeuta sejam maiores a cada dia, expandindo seu papel no cuidado do paciente. Para além do Código de Ética, as noções de Bioética são centrais no preparo de graduandos para os desafios profissionais. Este estudo verificou a capacidade de tomar decisões éticas de alunos no último ano de Fisioterapia de duas universidades na cidade de São Paulo, das quais uma oferece no currículo a disciplina Bioética e a outra não. Cinqüenta alunos de cada universidade responderam a um questionário sobre dilemas éticos correspondentes a artigos do Código de Ética; cada questão oferecia três alternativas de resposta: uma bioética, outra referente ao Código e uma não-ética. As respostas foram analisadas estatisticamente. Os resultados mostraram um bom preparo ético em pouco mais de metade dos alunos das duas universidades, sugerindo que ambas oferecem preparo ético similar aos graduandos, independente da diferença curricular. No entanto, os alunos da universidade que oferece Bioética tiveram resultados significantemente melhores nos quesitos referentes à relação com outros profissionais da saúde, sugerindo que essa disciplina oferece melhores condições para o relacionamento interprofissional, fator importante tanto na prática clínica quanto para elevar o status da Fisioterapia. DESCRITORES: Bioética; Ética profissional; Fisioterapia/educação ABSTRACT: Physical therapy recent expansion, along with changes in education and health, enhance physical therapists' role in patient care, while increasing both their autonomy and the ethical challenges they face in daily clinic. In addition to knowledge of the professional ethical code, notions of Bioethics are thought to be central to students training. This study analysed the ability to make ethical decisions among 100 physical therapy undergraduate students at two universities in São Paulo, of which only one offers the discipline Bioethics. Fifty students of each university answered a questionnaire of dilemmas related to items of the Physical Therapy Code of Ethics; for each question there was a choice between three answers, bioethical, in accordance with the ethical code, or non-ethical. Answers were statistically analysed. About half the students of both universities seemed to be satisfactorily prepared to act ethically, thus suggesting that both offer similar ethical training, regardless of curricula differences. However, students from the university that offers Bioethics had significantly better results in questions concerning the relationship with other health providers, thereby suggesting that this discipline may provide better student training for inter-professional relationship, which is important both to clinical practice and to raise physical therapy status.