The EMBL Nucleotide Sequence Database

Stoesser, Guenter

doi:10.1093/nar/30.1.21

Cited by 149 publications

(84 citation statements)

References 21 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Tyr and Phe are predicted at p1 in 36 of the peptides (56%) versus only a 7% frequency of these amino acids in the mouse proteome (49). A small side chain is also common at p1, with Ala, Val, Ser, and Gly accounting for 16 of the remaining 28 peptides.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b

Liu

Dai

Crawford

et al. 2002

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

View full text Add to dashboard Cite

T he crystal structures of a variety of MHCI (1-9) and MHCII (10-23) molecules have revealed their features that lead to stable peptide binding. Conserved amino acids of MHCI interact with the N terminus and C terminus of the peptide in virtually all isotypes and alleles. Between these termini, the peptide can vary in length and in the path it takes through the binding groove, often bulging out of the groove in the middle. In MHCII, the N and C termini of the peptide generally extend beyond the binding groove and do not interact with the MHCII molecule. Rather, H-bonding interactions between the peptide backbone and conserved amino acids of the MHCII ␣-helices force the peptide to take a similar, extended path through the groove of all MHCII isotypes and alleles.The unique interactions that determine the allelic specificity of peptide binding seem to be controlled by the character of pockets within the interior of the binding groove that preferentially accept particular amino acid side chains. Because the MHC amino acids that line these pockets are among the most genetically variable, their depth, shape, and chemistry vary considerably among MHC alleles and isotypes, and they appear to be the most important factor in the specificity of peptide binding.In the current study we have solved the crystal structure of the mouse MHCII molecule IA b with a bound immunogenic peptide variant of a dominant peptide derived from the MHCII E␣ protein that is found in IA b in some strains of mice (24). Despite the high stability and immunogenicity of this complex, the four usual p1, p4, p6, and p9 peptide side chain binding pockets of IA b are largely unfilled, because alanines occur in the peptide at these positions. Rather, the stability of this peptide͞MHCII complex can be attributed to the combination of the conserved interactions with the peptide backbone as well as extensive unique interactions of the IA b molecule with other peptide amino acids particularly at the N-terminal end and the p7 position of the peptide. These results suggest that IA b can achieve stable peptide binding in more than one way and may account for the previous difficulty in defining the IA b peptidebinding motif. Materials and MethodsPreparation of Soluble IA b . The production of soluble IA b containing a peptide attached to the ␤-chain N terminus via a flexible peptide linker has been described (25). In the original constructions, peptides included both the E␣-derived peptide, ASFEAQGALANIAVDKA (pE␣), which occupies about 10% of natural IA b , and an immunogenic variant, ASFEAQKAK-ANKAVDKA (p3K), in which three positions in the peptide (underlined) had lysines substituted for the E␣ peptide amino acids. For crystallization, the construct was altered to use a shortened form of p3K, FEAKGAKANKAVD, and to shorten the IA b ␣ and ␤ chains to the predicted ends of the ␣2 and ␤2 domains. The construct was cloned into a previously described dual promoter baculovirus transfer vector (26, 27) and introduced into BacVector 3000 version of AcNPV baculovirus ...

show abstract

Section: Resultsmentioning

confidence: 99%

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b

Liu

Dai

Crawford

et al. 2002

Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…The following publicly available gene expression databases were used: http: //www.genecards.org, 56 http: //www.ebi.ac.uk/arrayexpress/ (for example, experiment E-MEXP-583) 57,58 and http://www.biogps.gnf.org.…”

Section: Online Resourcesmentioning

confidence: 99%

Physiological regulation of transgene expression by a lentiviral vector containing the A2UCOE linked to a myeloid promoter

et al. 2011

View full text Add to dashboard Cite

Protection against epigenetic silencing is a desirable feature of future gene therapy vectors, in particular for those applications in which transgene expression will not confer growth advantage to gene-transduced cells. The ubiquitous chromatin opening element (UCOE) consisting of the methylation-free CpG island encompassing the dual divergently transcribed promoters of the human HNRPA2B1-CBX3 housekeeping genes (A2UCOE) has been shown to shield constitutive active heterologous promoters from epigenetic modifications and chromosomal position effects. However, it is unclear if this element can be used to improve expression from tissue-specific enhancer/promoters, while maintaining tissue specificity in hematopoietic cells. Here, we evaluated the potential of the A2UCOE in combination with the myeloid-specific myeloid related protein 8 (MRP8) promoter to target transgene expression specifically to myeloid cells in vitro and in vivo from a self-inactivating lentiviral vector. The inclusion of the A2UCOE did not interfere with specific upregulation of MRP8 promoter activity during myeloid differentiation and mediated sustained and vector copy-dependent expression in myeloid cells. Notably, the A2UCOE did not protect the MRP8 promoter from methylation in the P19 embryonal carcinoma cell line, suggesting that this element maintains the inherent epigenetic state and transcriptional activity of cellular promoters in their native configuration. Thus, the A2UCOE could represent a useful protective genetic element in gene therapy vectors, ensuring physiological transcriptional regulation of tissue-specific promoters independent of the chromosomal integration site.

show abstract

“…Ezen adatok a közel exponenciálisan növekedő adattár-házakba kerülnek. A 2000-es évektől kezdve leginkább három nagyobb, egymással napi frissítésben álló adattár-ÖSSZEFOGLALÓ KÖZLEMÉNY házról (az amerikai NCBI/GenBank, az európai EMBLBank [28] és az ázsiai DDBJ), valamint több szétszórt kutatói/intézeti/vállalati adattárházról beszélhettünk, amelyek között referencia-ID-kkel lehetett eligazodni. A közel 15 év alatt ezen adattárházak tovább, egyre csak tovább híztak, nemcsak méretben, hanem komplexitá-sukban is [29].…”

Section: Bioinformatikaunclassified

Big Data – kihívások és kockázatok

et al. 2015

View full text Add to dashboard Cite

A "Big Data" az utóbbi időben gyakran használt kifejezés, amely arra utal, hogy egyre nagyobb digitális információ-tömeg keletkezik. Ezen információk összekapcsolásával, feldolgozásával és elemzésével újfajta következtetések vonhatók le, és új szolgáltatások alapulhatnak rájuk. Ez kihatással van az élet minden területére, többek közt az egészség-ügyre is. A szerzők áttekintik a Big Data alkalmazási lehetőségeit az orvostudományból és más területekről vett példák segítségével. A lehetőségek jobb kihasználásához szükség van megfelelő infrastruktúrára, a szükséges szabá-lyozási környezet kialakítására, különös hangsúllyal az adatvédelmi és adatbiztonsági kérdésekre. E problémákat és a megoldásukra tett intézkedéseket is bemutatják a szerzők. Orv. Hetil., 2015, 156(49), 1979-1986 Kulcsszavak: Big Data, digitális menetrend, személyre szabott orvoslás, telemedicina, adatvédelem Big Data -challenges and risksThe term "Big Data" is commonly used to describe the growing mass of information being created recently. New conclusions can be drawn and new services can be developed by the connection, processing and analysis of these information. This affects all aspects of life, including health and medicine. The authors review the application areas of Big Data, and present examples from health and other areas. However, there are several preconditions of the effective use of the opportunities: proper infrastructure, well defi ned regulatory environment with particular emphasis on data protection and privacy. These issues and the current actions for solution are also presented. Keywords A Big Data forradalmasítja az életünketBig Data -a jelen digitális korunkban kevés dolog megy át olyan nagy változásokon, mint az interaktív kommunikációval összefüggő adatok gyűjtése, elemzése és kiérté-kelése. A digitális adatok mennyisége évente megduplá-zódik, és a becslések szerint 2020-ra eléri a 44 zettabyte-ot (44 billió gigabyte-ot) [1]. Ez a mennyiség különféle médiumok között oszlik meg -beletartozik a fényképek és videók megosztása a közösségi oldalakon, a mobileszközökkel történő különféle interakciók, a GPSadatok, a pénzügyi tranzakciók, az időjárási adatok épp-úgy, mint a személyre szabott betegadatok [2].A Big Data kifejezés tehát hatalmas mennyiségű, komplex adatra utal, amelyeket a napi életünk különféle területeiről gyűjtenek össze, és amelyek gyors tárolásá-hoz, feldolgozásához és kiértékeléséhez speciális alkalmazások szükségesek: Az információk kinyeréséhez az adatrekord számos mezőjét kell rövid válaszidővel feldolgozni, nagyszámú lekérdezést kell párhuzamosan végrehajtani és esetenként más, importált adatokkal kombinálni [3]. Ezek az egyéni és vállalati információk számos lehetőséget kínálnak a mindennapi életünk javí-tására, megváltoztatására. Az ajánlórendszerek feldolgozzák és a felhasználóhoz rendelik a személyes adatokat, a kedvenc termékeket és szolgáltatásokat, a vásárlások árkategóriáit és még sok mást, majd ezek alapján egyénre szabott, aktuális ajánlatokat kínálnak.Ezek a speciális ajánlatok a felhasználói profi...

show abstract

The EMBL Nucleotide Sequence Database

Cited by 149 publications

References 21 publications

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b

Physiological regulation of transgene expression by a lentiviral vector containing the A2UCOE linked to a myeloid promoter

Big Data – kihívások és kockázatok

Contact Info

Product

Resources

About

The EMBL Nucleotide Sequence Database

Cited by 149 publications

References 21 publications

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IAb

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IAb

Physiological regulation of transgene expression by a lentiviral vector containing the A2UCOE linked to a myeloid promoter

Big Data – kihívások és kockázatok

Contact Info

Product

Resources

About

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b

Alternate interactions define the binding of peptides to the MHC molecule IA^b