The combination of data as a strategy to determine the diversity of tomato subsambples

Abstract

The estimation of genetic diversity by qualitative, quantitative, and molecular data and their combination are important in characterizing germplasm collections for pre-breeding purposes, mainly for the identification of divergent parents. For this purpose, we assessed a population of 94 tomato subsamples from UFV Vegetable Germplasm Bank (BGH-UFV) using 10 ISSR markers and agronomic data (three qualitative and six quantitative traits). Data revealed the existence of genetic diversity in germplasm considering the three data classes. Principal coordinates analysis (PCoA) confirmed the genetic variability of the subsamples, explaining 27% of the variability in the first two PCoAs. The Bayesian based clustering analyses using the STRUTURE software verified the existence of a structured population, with three populations. The mantel test for the correlation produced by the three data classes showed highly significant correlation (r = 0.31, P<0.001) among quantitative and molecular data. The Tocher method of clustering for each dissimilarity matrices showed that the clustering patterns were dependent on the data classes. According to the results we found, it is possible to predict the best combinations of parents that can provide maximum gain in a breeding program. Besides the combine use of the quantitative, qualitative and molecular data, using multivariate and Bayesian method of clustering is an efficient method to study the genetic diversity of tomato plants in the germplasm bank.

Diversidade Genética Entre Acessos de Mandioca Por Meio de Caracteres Agronômicos

“…A caracterização dos genótipos de mandioca pode ser feita por meio do emprego de descritores qualitativos e quantitativos (FUKUDA; GUEVARA, 1998), sendo que ao combinar as técnicas permite acessar a diversidade do material conservado com fins de pré-melhoramento (CAMPOS et al, 2010;FARIA et al, 2012;CARRASCO et al, 2016;AGUILERA et al, 2019). De modo geral, os estudos sobre diversidade local e regional de mandioca são escassos, quando comparados com a grande diversidade das populações de mandiocas (SIQUEIRA et al, 2010;FIGUEREDO et al, 2019).…”

“…Tais resultados demonstram a adequação do método e a confirmação dos resultados deste estudo. A comparação de métodos é uma estratégia comum há várias pesquisas já relatadas (FARIA et al, 2012, AGUILERA et al, 2019. Aguilera et al (2019) relatam a possibilidade de acessar a diversidade genética de tomate (Solanum lycopersicum L.) ao combinar dados qualitativos, quantitativos e moleculares, indicando a possibilidade de se ter êxito pela combinação desses dados em um programa de pré-melhoramento.…”

“…A comparação de métodos é uma estratégia comum há várias pesquisas já relatadas (FARIA et al, 2012, AGUILERA et al, 2019. Aguilera et al (2019) relatam a possibilidade de acessar a diversidade genética de tomate (Solanum lycopersicum L.) ao combinar dados qualitativos, quantitativos e moleculares, indicando a possibilidade de se ter êxito pela combinação desses dados em um programa de pré-melhoramento. Nick et al (2010), ao estimarem a diversidade genética entre 75 clones F 1 e 19 variedades locais, encontraram que há divergência genética entre as subamostras estudadas, podendo assim selecionar subamostras potencialmente úteis a participarem de fases seguintes em um programa de melhoramento pelo potencial e a diversidade encontrada entre essas.…”

“…A diversidade genética como ferramenta para o melhoramento de plantas tem sido acessada para determinar o quão diverso podem ser os diferentes materiais que são conservados em bancos de germoplasmas "in situ" ou "ex situ" para diferentes espécies (VIEIRA et al, 2008a;TIAGO et al, 2016;ZAGO et al, 2017;AGUILERA et al, 2019). O conhecimento desta diversidade genética garante a quem pratica o melhoramento e a possibilidade de seleção e a determinação de novas populações superiores, geralmente, visando seleção para resistência a estresses bióticos ou abióticos (VIEIRA et al, 2008a).…”

The role of the genetic diversity of Capsicum spp. in the conservation of the species: Qualitative and quantitative characterization

“…Thus, genetic diversity needs to be evaluated using qualitative and quantitative descriptors (IPGRI, 1995;Neitzke et al, 2014) for conserving existing genetic diversity to promote its use in breeding programs. The use of biometric information improves selection and has been performed using multivariate techniques (Aguilera et al, 2019;Bianchi et al, 2020;Brilhante et al, 2021).…”