The Choice of Candidates in Survival Markers Based on Coordinated Gene Expression in Renal Cancer

Abstract

We aimed to identify and investigate genes that are essential for the development of clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) and sought to shed light on the mechanisms of its progression and create prognostic markers for the disease. We used real-time PCR to study the expression of 20 genes that were preliminarily selected based on their differential expression in ccRCC, in 68 paired tumor/normal samples. Upon ccRCC progression, seven genes that showed an initial increase in expression showed decreased expression. The genes whose expression levels did not significantly change during progression were associated mainly with metabolic and inflammatory processes. The first group included CA9, NDUFA4L2, EGLN3, BHLHE41, VWF, IGFBP3, and ANGPTL4, whose expression levels were coordinately decreased during tumor progression. This expression coordination and gene function is related to the needs of tumor development at different stages. Specifically, the high correlation coefficient of EGLN3 and NDUFA4L2 expression may indicate the importance of the coordinated regulation of glycolysis and mitochondrial metabolism. A panel of CA9, EGLN3, BHLHE41, and VWF enabled the prediction of survival for more than 3.5 years in patients with ccRCC, with a probability close to 90%. Therefore, a coordinated change in the expression of a gene group during ccRCC progression was detected, and a new panel of markers for individual survival prognosis was identified.

NXPH4 Promotes Gemcitabine Resistance in Bladder Cancer by Enhancing Reactive Oxygen Species and Glycolysis Activation through Modulating NDUFA4L2

“…NDUFA4L2 has been widely reported to induce glycolysis [ 35 , 36 , 37 , 38 , 39 ]. We found elevated protein levels of NDUFA4L2 in both T24GEM-R and 5637GEM-R. After the overexpression and knockdown of NXPH4 in T24GEM-R and 5637GEM-R, we found associated upregulation and downregulation of NDUFA4L2, respectively, indicating that NXPH4 may function through the regulation of NDUFA4L2.…”

Similarities and differences in the process of metastasis and differentiation of renal cancer on gene expression

“…Ранее нами было показано снижение экспрессии генов CA9, NDUFA4L2, VWF, IGFBP3, BHLHE41, EGLN3 и C1QA при метастазировании скПКР [4]. Экспрессия гена ANGPTL4 не была проанализирована нами ранее на связь с метастазированием, но показана ее ассоциация с выживаемостью больных скПКР [7]. В настоящей работе была изучена и ее связь с метастазированием скПКР (табл.…”

“…5, прежде всего обращает внимание различное число генов с коррелирующей экспрессией при разной степени дифференцировки опухоли -большее число в дифференцированных опухолях по отношению к низкодифференцированным. Это наблюдается как в метастазирующих, так и в неметастазирующих опухолях, т. е. гены, принимающие участие в прогрессировании и метастазировании скПКР [4,7], имеют большую координацию экспрессии в дифференцированных опухолях скПКР по сравнению с низкодифференцированными. Кроме этого, следует отметить различие в характеристиках коэкспрессии в метастазирующих и неметастазирующих опухолях при одной и той же степени дифференцировки.…”

“…Найденная взаимосвязь может быть обусловлена сходством ряда ключевых процессов при развитии раковой опухоли, протекающих с участием изученных в данной работе генов и характерных как для метастазирования, так и для дифференцировки / дедифференцировки клеток опухоли. Экспрессия генов NDUFA4L2, EGLN3, ANGPTL4, CA9 и IGFBP3 связана с энергетическим метаболизмом -обеспечением определенных соотношений митохондриального метаболизма и гликолиза; BHLHE41 участвует в активации эпителиально-мезенхимального перехода (EMT), и все указанные гены регулируются HIF1 (индуцированный гипоксией фактор 1), обеспечивающим адаптацию опухоли к гипоксии [4,7]. Наряду с геном VWF, влияющим на ангиогенез, их экспрессия обеспечивает важнейшие процессы, приводящие к дедифференцировке клеток опухоли, -ответ на гипоксию, активацию эпителиально-мезенхимального перехода и регуляцию соотношения гликолиза и окислительного фосфорилирования [5,6,9,10].…”

“…Участие рассматриваемых генов в 2 процессахметастазировании и контроле степени дифференцировки -связано с их существенной ролью в развитии рака, которое носит комплексный характер [7]. В то же время ген C1QA, связанный с метастазированием [4], не принимает участия в контроле дифференцировки, как следует из полученных в настоящей работе результатов.…”