The biobank of the National Medical Research Centre for Oncology as a resource for research in the field of personalized medicine: A review

Abstract

Biobanks are the platform for innovative biomedical research in the field of translational and personalized medicine. The important aspect for conducting large-scale research in the field of genomics, transcriptomics, proteomics is the availability of a sample information of the documented high-resolution samples. The biobanks solve the problem of forming groups of patients with different nosology within the population of interest and provide clinical and laboratory information on each sample. The aim of this article is to describe the Biobank processes of the National Medical Research Centre for Oncology within the framework of existing projects and build up collections. The review discusses the main stages of the systematized biobank process, describes the methods of sample preparation of different types of biological material, and also provides statistics of the build up collections. To this date, the predominant part of the depository consists of tissue samples of patients diagnosed with colorectal cancer 24% and stomach cancer 23% of the total number of tissue samples, while the number of tissue samples of pancreatic cancer is 10%, and esophageal cancer and breast cancer 22%. In addition to tissue samples, the biobank of the National Medical Research Centre for Oncology stores 24 cell lines of a human origin and the collection of 200 microbiota samples: 100 are from patients diagnosed with lung cancer and 100 from conditional healthy donors. Currently, the studies have been performed on biomaterial from the biobank build up collections to search for prognostic biomarkers and potential targets for targeted therapy by using high-throughput sequencing in patients diagnosed with pancreatic cancer and brain cancer. Thus, the collections play an important role for research in the field of personalized medicine, providing early diagnosis and effective treatment for each patient.

Biobanks as an important tool in modern translational oncology

“…Economic benefits of biobanking in translational research have been estimated as significant (Rogers, Carolin, Vaught, and Compton, 2011). It is unsurprising that biobanks are gaining particular attention from oncologists, and our review adds to the wealth of the recent publications in this rapidly growing field (Kaprin, 2020;Kit, 2022;and others).…”

Bioresource collection of cell lines and primary tumors of the National Medical Research Center of Oncology of the Ministry of Health of Russia

“…Рис. 2 Иммортализованные клеточные линии биобанка ФГБУ "НМИЦ онкологии" Минздрава России [8]. Наряду с этим исследовали микросателлитную нестабильность первичных клеточных линий низкодифференцированных глиальных опухолей на разных пассажах.…”

“…Таким образом, биобанк ФГБУ "НМИЦ онкологии" Минздрава России представляет собой отдельную инфраструктуру с большими сложными коллекциями биологических образцов, дополненных обширными и хорошо аннотированными клиническими и патологическими данными о пациентах, включая медицинские изображения, патологическую гистологию и молекулярный анализ биообразцов. Коллекции образцов криохранилища формируются в зависимости от задач и проектов ФГБУ "НМИЦ онкологии" Минздрава России [8].…”

“…Наряду с этим мы депонировали для коллекции первичных опухолей гистологически верифицированные парные образцы замороженных биоптатов рака молочной железы, колоректального рака, рака желудка, поджелудочной железы, пищевода, легкого, а также редкие коллекции миеломы и детских солидных опухолей различной локализации [8].…”

Creation of a biosample collection from patients after myocardial infarction in the Khanty­ Mansi Autonomous Okrug — Yugra

“…Большинство авторов указывают, что при длительном хранении цельной крови наблюдается снижение концентрации выделенной ДНК, но без изменения профиля метилирования и качества ДНК[15,16]; однако есть публикации, в которых не выявлена связь между временем хранения цельной крови и концентрацией выделенной ДНК[17]. Считается, что концентрация гДНК в элюатах с буферными растворами незначительно снижается в процессе хранения, в отличие от любому научно-образовательному учреждению возможность развернуть активную исследовательскую деятельность нового порядка и стать непосредственным участником развития методов трансляционной и персонализированной медициныв частности, обеспечивая возможность поиска перспективных биомаркеров и ранней диагностики ССЗ[11][12][13][14]. Ввиду географических особенностей ХМАО-Югры и удаленности многих населенных пунктов, а также высокого риска смерти после перенесенного ИМ, своевременный сбор биологических образцов в период нахождения пациентов в стационаре очень важен.…”