Objetivo: Este artigo propôs uma rotina para o software R-Studio que torne adequada a compreensão das iniquidades em saúde ao produzir o Equiplot com Intervalos de Confiança de 95% (IC95%) com dados de inquéritos populacionais com amostragem complexa. Métodos: Analisaram-se comportamentos de saúde de adultos (18 a 64 anos) no Brasil incluídos na Pesquisa Nacional Saúde 2013 (n=52.490) e 2019 (n=72.605). Estudo transversal comparou em gráficos Equiplot as prevalências com e sem seus respectivos IC95% do tabagismo atual; uso abusivo de álcool; atividade física no lazer; consumo de frutas e vegetais ou legumes segundo o tipo de cidade no país (Capital, Região Metropolitana excluindo capital e Interior). Diferenças foram consideradas estatisticamente significantes ao nível de 5% na ausência de sobreposição dos IC95%. Resultados: As capitais apresentaram prevalências mais elevadas dos comportamentos saudáveis e consumo excessivo de álcool, e menor de tabagismo atual. A análise do Equiplot só com prevalências indicou diferenças estatisticamente significantes na prática de atividade física no lazer e no uso excessivo de álcool em 2013, e no tabagismo atual e o consumo adequado de verduras nos dois anos. Porém, ao se adicionar IC95%, observou-se sobreposição de alguns deles, modificando a compreensão dos achados antes interpretados sem IC95%. Conclusões: A rotina proposta para o R-Studio é uma alternativa para a confecção do gráfico Equiplot com dados amostrais de inquéritos populacionais, permitindo adequada e simultânea comparação e interpretação das prevalências e IC95% que revelem a presença e a dinâmica das iniquidades