Taxonomia, genômica e potencial funcional da cianobactéria >i<Oxynema>/i< sp. CENA135

Abstract

e em especial a Fernanda Rios Jacinavicius pela guia, ensinamentos e disponibilidade na realização de análises. Às funcionarias do laboratório Ana Paula Dini Andreote e Renata Beatriz Cruz, pelas distintas atividades que realizam no laboratório e ainda assim me forneceram apoio. Aos colegas do laboratório, amigos, com todo carinho e gratidão para Bruno Evangelista de Souza, Taiane Fernanda Barradas, Endrews Delbaje, Caroline Rosa de Carvalho e Rafael Barty Dextro. Em especial para Juliana dos Santos Costa e Thierry Alexandre Pellegrinetti pelo companherismo e o suporte em momentos cinzentos. A nossa Pós-doutoranda Simone Cotta e às estagiárias Julia Polezi Formagio e Lara Losovoi pela juda recebida. Ao pesquisador Danillo Alvarenga pelos conselhos fornecidos A Guilherme K. Hosaka, pelo amor, amizade, companhia, ensinamentos, apoio inestimável durante minha formação, e pelo Pisco. A sua familia pelas atenções recebidas e as sempre interessantes conversas culturais. A Rodolfo Silva e Fernando Matias, pela amizade, apoio e aventuras neste lindo país. Ao Programa de Pós-Graduação em Microbiologia Agrícola e ao Serviço da Pós-Graduação, em especial a Maria Solizete Granziol Silva e Alexandre Joviniano dos Santos, por todo o auxílio e orientação fornecida. O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior-Brasil (CAPES)-Código de Financiamento 001 ABSTRACT Taxonomy, genomics and functional potential of the cyanobacteria Oxynema sp. CENA135 Oxynema is a derivated genus from the polyphyletic Phormidium and with few registered species, which were found in mangroves, marine or high salinity environments. The taxonomic and genomic informations are almost nonexisting for this genus, with a few exceptions of 16S rRNA and 16S-23S ITS sequences available at databases. Previous studies performed with Oxynema sp. CENA135 isolated from a Brazilian mangrove showed its potential to synthesize siderophores, aliphatic hydrocarbons, anticancer and antibiotic substances, besides its effective degradation of some types of textile dyes. In this work, the strain Oxynema sp. CENA135 was analyzed under a polyphasic approach (morphology, habitat, phylogenomics, phylogeny of the 16S rRNA gene and secondary structure of 16S-23S ITS), including the search for genes or gene clusters related to the biosynthesis of natural products and the detection of associated bacteria. After morphological characterization using an optic and a scanning microscopes, the genomic sequencing was performed from a mate pair library at the HiSeq (Illumina) platform. This is the first genome of the genus Oxynema and, therefore, for its assembly it was used a de novo method resulting in 11 scaffolds in a total size of 6.2 Mbp, with N50 of 3,591,108 pb, GC content of 51.6% and average coverage of 190x. The checkM software estimated a high completeness of the genome (99.29%) and few contaminations (1.22%). Genome mining revealed a biorremediation potential due to the presence of genes related to resistance of copper,...