Rencana pengembangan suatu kawasan estuari untuk pelabuhan perlu memperhitungkan kondisi awal lingkungan karena daerah pelabuhan sangat rentan terhadap cemaran lingkungan akibat beragam aktivitas yang dilakukan. Studi ini bertujuan untuk mengetahui kualitas lingkungan perairan Muara Satui, Tanah Bumbu, Kalimantan Selatan yang potensial untuk dikembangkan sebagai kawasan kegiatan pelabuhan terpadu. Kualitas fisika, kimia dan biologi air hasil pengamatan dibandingkan dengan standar baku mutu air laut yang ditetapkan oleh Kementrian Lingkungan Hidup Indonesia. Selanjutnya, hasil pengamatan dianalisa lebih lanjut dengan Indeks Kualitas Air (IKA) untuk mengetahui gambaran umum kualitas perairan. Hasil analisa menunjukkan perairan muara Satui mempunyai kualitas perairan yang sangat bagus dengan parameter fisika (seperti salinitas 14 ppt, suhu 28°C), kimia (seperti DO 4,9 mg/l, dan BOD 5,41 mg/l), dan biologi (yaitu plankton dengan Indeks Dominansi Simpson 0,20-0,27) masih dalam kisaran standar baku mutu air laut untuk pelabuhan. Dari nilai IKA dengan kisaran 0,001 sampai 6,5 untuk berbagai parameter yang dianalisa, dapat disimpulkan bahwa perairan masih dalam kondisi yang sangat bagus. Hal tersebut mengindikasikan perairan tersebut layak untuk dijadikan kawasan pengembangan pelabuhan.