Study of Electric Linear Dichroism of Sonicated and Fractioned Dna Through Gel Chromatography

Abstract

Recibido: 16/08/16; aceptado: 27/03/17 En este trabajo se estudia la dependencia del dicroísmo lineal eléctrico reducido (DLER) de muestras de ADN en función del campo eléctrico aplicado. Para esto se somete una solución de ADN a un proceso de sonicación, que da como resultado una muestra con un rango de tamaños de las moléculas de 100 a 1000 pares de base, aproximadamente. A los fines de obtener fracciones más monodispersas se fracciona la muestra mediante el método de cromatografía en gel, obteniéndose varias fracciones de ADN útiles para el estudio mediante técnicas electro-ópticas. Estas fracciones se caracterizan mediante electroforesis en gel para obtener la distribución de longitudes de cadena y los promedios de cada fracción. Los resultados experimentales de DLER se ajustan mediante un modelo teórico de varilla arqueada flexible con polarizabilidad eléctrica que satura con el campo eléctrico aplicado donde, además de la polarizabilidad eléctrica longitudinal, se tiene en cuenta la polarizabilidad eléctrica transversal. Los resultados de este estudio son similares a los obtenidos por otros autores mediante fragmentación de ADN por enzimas de restricción. La ventaja del método de fraccionamiento utilizado radica en que se obtienen muestras de mayor volumen para la aplicación de las técnicas electroópticas. Palabras clave: ADN, dicroísmo lineal eléctricoThis work studies the dependence of reduced electric linear dichroism (RELD) of DNA samples as a function to the applied electric field. To do so, a DNA solution is subjected to sonication, which results in a sample whose molecular size range varies, approximately, between 100 and 1000 base pairs. In order to obtain more monodisperse fractions, the sample is fractionated using the gel chromatography method, obtaining various DNA fractions which are useful for the analysis by means of electrooptical techniques. These fractions are characterized using gel electrophoresis, so as to obtain the distribution of chain lengths and their average for each fraction. The RELD experimental results are fitted by means of a theoretical model of flexible curved rod with electric polarizability which saturates with the applied electric field, where it is taken into account not only the longitudinal electrical polarizability but also the transversal one. The results of this study are similar to the ones obtained by other authors using DNA fragmentation by restriction enzymes. The advantage of the fractionation technique used resides in the obtention of samples of larger volume to apply electrooptical techniques.