Studies on the Immunoglobulin V_ϰLocus in Human Lymphoid Cell Lines

Abstract

DNA digests of 16 human lymphoid cell lines were studied in blot hybridization experiments with probes from V K genes and their immediate neighborhood as well as with single or low-copy probes from intergenic regions. The patterns were compared with those of placenta DNA digests in which the genes are in the germline configuration. The differences of patterns which were detected with the first type of hybridization probes can be attributed to V K -J K rearrangements or to restriction site polymorphisms between individuals. Some of the pattern differences observed with the second type of probes can be interpreted best as arising from deletions of parts of the locus. Such deletions may be individual variations but they may also be caused by the V K -J K rearrangement process. The results obtained with one particular probe which was derived from a nonduplicated part of the locus allow some conclusions as to the mechanism of the V K -J K rearrangement: the genomic situation in some lymphoid cell lines can be explained by an inversion while in other cell lines clearly deletions have occurred. The observations are in agreement with the inversion-deletion mechanism of V* -J K rearrangement as proposed by Lewis et al. (1982Lewis et al. ( , 1984. Untersuchungen über den Immunglobulin-V^Locus von menschlichen lymphoiden ZellinienZusammenfassung: Mit Restriktionsnucleasen gespaltene DNAs aus 16 menschlichen lymphoiden Zellinien wurden in Blothybridisierungsversuchen mit Proben aus dem Immunglobulin-V K -Locus untersucht. Die Proben stammten aus V K -Genen, aus deren unmittelbarer Nachbarschaft oder aus intergenischen Regionen. Die Muster wurden mit denen von gespaltener Plazenta-DNA verglichen, in der die -Gene in der Keimbahnkonfiguration vorliegen. Unterschiede in den Hybridisierungsmustern, die mit der ersten Art von Proben entdeckt wurden, können mit V K -J K -Umlagerungen oder mit Spaltstellen-Polymorphismen erklärt werden. Einige der Unterschiede, die mit der zweiten Art von Pro-ben beobachtet wurden, können am besten auf Deletionen von Teilen des /c-Locus zurückgeführt werden. Solche Deletionen könnten individuelle Varianten oder auch durch die V K -J K -Umlagerung verursacht sein. Eine Probe, die aus einem nicht-duplizierten Teil des fc-Locus stammt, erbrachte Ergebnisse, die Rückschlüsse auf den Mechanismus der V K -J K -Umlagerung zulassen. Die genomische Situation in einigen Zellinien kann durch eine Inversion erklärt werden, während in anderen Zellinien Deletionen stattgefunden haben müssen. Die Beobachtungen passen zu dem Inversions-Deletions-Modell, wie es von Lewis et al. vorgeschlagen wurde (l982, 1984).

Site‐specific recombination in the immune system 1

“…Before (5,6), and for Igx (7). B) The V, D, and J segments from the various loci are shown with their type of heptamer/nonamer signal.…”

Ongoing Vx−Jx recombination after formation of a productiveVx−Jx coding joint

“…Only inversions could be considered since according to Southern blot hybridizations the Lp-Op region as well as the B1 and B2 genes were retained excluding the possibility of major deletions ( [38]; Klobeck, unpublished experiments). In contrast, the Ap, Lp and B regions were lost in the deletional (!)…”