STUDI PENAMBATAN MOLEKULER SENYAWA FLAVONOID DAUN JAMBU BIJI (Psidium guajava L.) TERHADAP SARS-CoV-2 3CL PROTEASE

Abstract

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) yang dimana COVID-19 ini telah menjadi wabah secara global. Beberapa penelitian yang dilakukan secara in-silico daun jambu biji (Psidium guajava L.) terbukti memiliki aktivitas dalam menghambat main protease/3CL Protease dari beberapa protein yang tersedia didalam protein data bank. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui potensi senyawa flavonoid daun jambu biji (Psidium guajava L.) sebagai penghambat 3CL Protease pada protein dengan PDB ID : 6M2N menggunakan uji penambatan molekul. Pengujian dalam penelitian ini meliputi uji Lipinski, penambatan molekul, dan prediksi ADMET. Metode yang digunakan adalah penambatan molekul dengan program AutoDockTools 1.5.6. Hasil dari 31 senyawa yang telah melalui penambatan molekul beberapa senyawa uji diantaranya memiliki nilai penambatan molekuler dalam bentuk (energi ikat bebas (ΔG)) terbaik yaitu senyawa Epicatechin-3-O-Gallate dengan nilai -9,08 kcal/mol, glycitin dengan nilai -8,84 kcal/mol, dan ononin -8,51 kcal/mol. Epicatechin-3-O-Gallate dinilai memiliki potensi yang besar sebagai penghambat 3CL Protease karena memiliki kekuatan dan kestabilan ikatan yang tinggi saat ditambatkan pada protein target. Residu asam amino GLU 166, LEU 141, GLY 143 dan CYS 145 merupakan residu yang paling banyak berkontribusi dalam pembentukan ikatan hidrogen.

Studi In Silico Senyawa Flavonoid dalam Mengambat RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) sebagai Antivirus COVID-19

“…Ikatan hidrogen adalah jenis ikatan yang paling kuat di antara ikatan nonkovalen lainnya, meskipun lebih lemah daripada ikatan ion atau ikatan kovalen. Oleh karena itu, ikatan hidrogen memainkan peran penting dalam menghasilkan aktivitas farmakologi [36] Sifat farmakokinetik dan farmakodinamik senyawa di prediksi menggunakan SwissADME, dan hasilnya menunjukkan bahwa 5 senyawa flavonoid adalah senyawa terbaik berdasarkan hasil molecular docking dan juga memiliki sifat yang dapat diterima oleh tubuh (Tabel 2). Sifat ini dievaluasi berdasarkan parameter hukum lima Lipinski.…”