Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah transek garis pada 3 titik dan menggunakan transek kuadrat nerukuran 50 x 50 cm pada 2 lokasi yang berbeda. Parameter ketahanan yang digunakan kekayaan spesies lamun, tutupan lamun, tutupan makroalga, tutupan epifit, dan transparansi air. Pada penelitian ini ditemukan 4 jenis lamun yaitu Thalassia hemprichii, Enhalus acoroides, Cymodocea serrulata, dan Cymodocea rotundata dan rata-rata persentase tutupan lamun memperoleh 50% pada perairan Kecamatan Sapeken dan 22% pada kecamatan Sepuluh. Sedangkan hasil dari Seagrass Ecological Quality Indeks (SEQI) memperoleh 0.74 pada perairan Kecamatan Sapeken dan masuk dalam kategori baik dan pada perairan Kecamatan Sepuluh memperoleh hasil 0.62 masuk dalam kategori sedang.