Structural and Functional Analysis of <i>nap</i> Operon Genes in <i>Yersinia pestis</i> Strains of Different Subspecies

Abstract

Carried out was structural and functional analysis of nap genes coding for a significant diagnostic feature - nitrate reduction in main and non-main subspecies of Yersinia pestis. The presence of a single nucleotide substitution (A for T in position 631) in gene napA was determined to be the reason for the lack of nitrate reduction in part of the main subspecies strains. Other mutation - single nucleotide substitution G for A in position 1021 of napA is not the reason for absence of this diagnostic feature in non-main subspecies and biovar microtus as this substitution is present in denitrifying and non­denitrifying strains.

Phenotypic and Molecular-Genetic Peculiarities of Yersinia pestis Strains from Trans-Baikal Steppe Plague Focus

“…ПЦР проводили по стандартной методике [9]. Для амплификации фрагментов генов применяли ранее описанные праймеры [2,4,5,10,14]. Полученные в ПЦР продукты анализировали методом электрофореза в 1 % агарозном геле при напряжении 10-15 В/ см.…”

“…в гене glpD глицерол-3фосфатдегидрогеназы) биоваров возбудителя чумы. Кроме того, определяли присутствие мутаций, общих для всех биоваров основного подвида возбудителя чумы, что позволяет дифференцировать штамммы основного и неосновных подвидов: замена единичного нуклеотида G→A в позиции 671 регуляторного гена rhaS, вставка двух нуклеотидов +СС в позиции 269-270 от начала регуляторного гена iclR, внедре-ние IS285 в ген melB галактозидпермеазы после 73 нуклеотида [2,4,5,14]. В таблице представлены результаты изучения забайкальских штаммов, а также изолятов различных биоваров, использованных в качестве контрольных образцов.…”

“…Между тем к настоящему времени накоплен большой фактический материал о фенотипических и молекулярно-генетических свойствах Y. pestis из природных очагов разного типа. Установлены генетические основы различного проявления дифференциально значимых биохимических признаков возбудителя чумы [2,4,5]. Разработана система молекулярного типирования, основанная на методах полимеразной цепной реакции, мультилокусного секвенирования и мультилокусного VNTR-анализа, которая обеспечи-вает определение подвидовой, биоварной и очаговой принадлежности штаммов возбудителя чумы [3].…”

Analysis of Genetic Variability of Yersinia pestis Strains (Medieval Biovar) Isolated in Natural Plague Foci of the Russian Federation and Mongolia

“…Отсутствие ферментации глицерина связано с наличием делеции размером 93 п.н. в гене glpD глицерол-3-фосфатдегидрогеназы у штаммов восточного биовара, а редукции нитратов -с наличием замены единичного нуклеотида G→Т в позиции 613 гена napA периплазматической нитратредуктазы у штаммов средневекового биовара [5,[8][9][10]. За исключением последнего признака, отсутствие редукции нитратов и лежащей в его основе мутации в гене napA, другие различия, которые могли бы быть использованы для дифференциации средневекового и античного биоваров, не выявлены.…”

“…ПЦР проводили по стандартной методике в соответствии с МУ 1.3.2569-09. Для амплификации фрагментов генов применяли ранее использованные праймеры [2,5,9,10]. Полученные в ПЦР продукты анализировали методом электрофореза в 1 % агарозном геле при напряжении 10-15 В/см.…”