Standardization of automated multi-locus variable number tandem repeats analysis for Methicillin-resistant Staphylococcus aureus typing isolated from invasive infections in paraguayan pediatric population

Abstract

Estandarización del análisis MLVA para tipificación de Staphylococcus aureus Resistentes a Meticilina causantes de infecciones invasivas en población pediátrica paraguaya RESUMEN Introducción: Staphylococcus aureus es considerado uno de los patógenos humanos más importantes a nivel mundial y sus niveles de resistencia a meticilina han aumentado incluso en cepas aisladas de personas sin factores de riesgo nosocomial, por lo que la tipificación genética de los clones circulantes es fundamental para comprender los patrones de diseminación. Objetivo: Obtener la tipificación de SARM que causaron infecciones invasivas a niños mediante el empleo de la técnica de análisis multi-locus de número variable de repeticiones en tándem (MLVA) automatizada. Metodología: Estudio observacional, descriptivo de corte transverso. Resultados: Se analizaron 25 cepas SARM que representan más de 700 aislamientos de S. aureus colectados en los años 2010, 2012 y 2013 de 4 hospitales de referencia nacional. La automatización de la técnica MLVA incluyó la tipificación del 88% (22/25) de los aislamientos en estudio, resultando 3 perfiles diferentes, cada uno asociado a un "spa tipo" distinto, siendo el perfil 1-t019 el predominante (86%), seguido por el perfil 3-t002 (9%), arrojando 100% de concordancia con el método MLVA manual, así como una alta concordancia con el método estándar de oro, PFGE. Conclusión: La inclusión de un método de análisis de fragmentos automatizado permitió llevar a cabo la caracterización de aislamientos mejorando el tiempo de respuesta y manteniendo una alta sensibilidad en comparación con el método manual. Palabras clave: infecciones estafilocócicas, resistencia a la meticilina; tipificación bacteriana; niño. ABSTRACT Introduction: Staphylococcus aureus is considered one of the most critical human pathogens worldwide, and its levels of methicillin resistance have increased even in strains isolated from people without nosocomial risk factors. Therefore the genetic typing of circulating clones is essential to understand dissemination patterns Objective: Obtain the MRSA typing that caused invasive infections in children by using the automated multi-locus variable number of tandem repeats (MLVA) analysis technique. Methodology: Observational, descriptive, crosssectional. Results: 25 strains MRSA representing more than 700 S. aureus isolates collected in 2010, 2012, and 2013 from 4 national reference hospitals were analyzed.The MLVA automation included the typing of 88% (22/25) isolates, resulting in 3 different profiles, each one associated with a different spa type, being the 1-t019 the predominant (86%), followed by the 3-t002 profile (9%), yielding 100% concordance with the MLVA manual, as well as high concordance with the standard gold method, PFGE. Conclusion:The inclusion of an automated fragment analysis method led to the characterization of isolates, improving response time, and maintaining high sensitivity compared to the manual process.