Pese a que los protistas son componentes importantes en los ecosistemas y microhábitats acuáticos, en México su conocimiento es escaso, por lo que es relevante contribuir con estudios de su diversidad en el país. Objetivo: En este trabajo se documenta la diversidad de protistas y su variación espacial y temporal en una presa urbana en Querétaro, México. Métodos: Se realizaron muestreos superficiales cada semana durante un periodo anual de julio 2015 a julio 2016 en dos puntos de la presa, uno hacia su parte media y otro en su parte posterior. Se comparó la riqueza y la composición de los taxones, tanto espacial como temporalmente, así como la relación de las comunidades con la precipitación y la temperatura atmosférica, con ayuda de análisis de comparación de la riqueza de especies a una misma cobertura de muestra y de técnicas multivariadas. Resultados: Se determinó un total de 17 taxones pertenecientes a los phyla Amoebozoa, Euglenozoa, Ciliophora y Heliozoa. Se aportan 11 registros nuevos para el estado de Querétaro en un área representativa de las zonas semiáridas del centro del país. Las especies más frecuentes en los muestreos fueron Coleps hirtus, Paramecium caudatum y Stentor coeruleus. La composición de los taxones entre los puntos de muestreo fue diferente. Ambos puntos presentaron en el año dos picos de riqueza y dos comunidades diferentes, que correspondieron a las temporadas de lluvias en verano y de sequía en invierno. Conclusiones: La estacionalidad juega un papel importante para el desarrollo y establecimiento de las comunidades de protistas en la presa El Cajón.