Asosiasi inter-spesies merupakan kemampuan suatu spesies dalam hal bergabung atau memiliki keeratan atau tidak diantara spesies-spesies tersebut. Penelitian terkait asosiasi inter-spesies pada lamun masih sedikit dilakukan. Oleh karena itu, penelitian ini perlu dilakukan untuk mengetahui jenis asosiasi antar spesies lamun di Perairan Pulau Maginti. Pengambilan data lamun dengan menggunakan metode transek garis. Pengamatan lamun menggunakan frame kuadrat dengan ukuran 50 cm x 50 cm. Pengukuran asosiasi dua jenis menggunakan tabel kontingensi 2x2. Asosiasi inter-spesies lamun di perairan Pulau Maginti bersifat positif dan negatif. Asosisasi positif terbesar yaitu pada pasangan spesies Halodule uninervis dan Halophila minor dengan nilai 0,264 serta Enhalus acoroides dan Thalassia hemprichii dengan nilai 0,410. Sedangkan asosiasi negatif terbesar yaitu pada pasangan spesies Enhalus acoroides dan Halophila minor dengan nilai -0,642 serta Enhalus acoroides dan Halodule uninervis dengan nilai -0,730.