Sequencing the genome of bottom brewer's yeast.

Abstract

Sekvenace genomu spodní pivovarské kvasinky Klíčová slova: genom, kvasinka, Saccharomyces pastorianus ■ ■ 1 ÚVOD Pivovarské kvasinky se dělí do dvou skupin: na svrchně kvasící kmeny, používané pro výrobu piv typu ale, a na spodně kvasící kmeny, produkující piva typu ležák. Obě skupiny se řadí do druhu Saccharomyces. Kmeny spodních a svrchních kvasinek se však vzájemně liší fyziologickými a genetickými vlastnostmi a jedná se tedy o dva rozdílné druhy rodu Saccharomyces. Svrchní kvasinky jsou geneticky blízké rodu Saccharomyces cerevisiae, zatímco spodní kvasinky tvoří heterogenní druh a jsou jedním z nejlepších příkladů přirozených hybridů kvasinek (Saerens et al ., 2010). Kvůli jejich odlišnosti od svrchních kvasinek byly spodní kvasinky Hansenem nazvány Saccharomyces carlsbergensis (Saerens et al ., 2010). Později byly spodní kvasinky zařazeny do rodu Saccharomyces pastorianus (Martini a Martini, 1987). Studie založené na hybridizaci dvou molekul DNA ukázaly, že S. pastorianus obsahuje dva typy chromozomů, které byly označeny jako S. cerevisiae-typ a S. bayanus-typ (Tamai et al ., 1998; Yamagishi a Ogata, 1999). Jak bylo u mezidruhového hybridu předpokládáno, byly u S. pastorianus nalezeny dva rozdílné ortology u téměř všech testovaných genů. Jednotlivé geny spodních kvasinek byly skutečně velmi podobné buď genům S.

Long-insert clone experimental evidence for assembly improvement and chimeric chromosomes detection in an allopentaploid beer yeast

“…To answer the former question and to provide clarity of the source DNA used for the library construction, we performed a phylogenetic analysis using the orthologous genes from each sub-genome of Saccharomyces sp. 790 strain ( De León-Medina et al 2016 ) and seven lager beer-related strains ( Dostálek et al 2013 ; Walther et al 2014 ; van den Broek et al 2015 ; Okuno et al 2016 ; Liu et al 2018 ) (Supplementary Table S1). In both S. cerevisiae and S. eubayanus orthologous genes trees, all group-1 S. pastorianus strains (Supplementary Table S1) grouped together, and strains classified as group-2 (Supplementary Table S1) were in close distance with each other ( Figure 1 ; Supplementary Figure S3).…”

“…The reference sequence of S. cerevisiae S288c genome ( Engel et al 2014 ) was downloaded from the Saccharomyces Genome Database ( https://www.yeastgenome.org ). Genome sequence assemblies of S. eubayanus FM1318 ( Baker et al 2015 ), 10 S. pastorianus strains ( Nakao et al 2009 ; Dostálek et al 2013 ; Walther et al 2014 ; van den Broek et al 2015 ; Okuno et al 2016 ) (Supplementary Table S1), Saccharomyces sp. 790 ( De León-Medina et al 2016 ), and Saccharomyces sp.…”

“…M14, and Saccharomyces sp. 790 ( Dostálek et al 2013 ; Walther et al 2014 ; van den Broek et al 2015 ; De León-Medina et al 2016 ; Okuno et al 2016 ; Liu et al 2018 ) (Supplementary Table S1). Genome annotation of the yeast assemblies was performed with MAKER2 (v2.31.10) ( Holt and Yandell 2011 ).…”

“…Massive parallel or short-reads sequencing allowed to study the genome of several S. pastorianus yeast strains ( Nakao et al 2009 ; Dostálek et al 2013 ; Walther et al . 2014; van den Broek et al 2015 ; De León-Medina et al 2016 ; Okuno et al 2016 ; Langdon et al 2019 ).…”

Genome comparison and evolutionary analysis of different industrial lager yeasts (Saccharomyces pastorianus)

“…In recent years, the development of efficient and inexpensive next‐generation genome sequencing has revolutionized the study of, and provided fast access to, yeast genomes. In addition to our whole‐genome sequencing project of an industrial lager strain, S. pastorianus TT‐21, three other commonly used lager strains ( S. pastorianus Weihenstephan 34/70, S. pastorianus CCY48‐91 and S. carlsbergensis CBS‐1513) have also been sequenced by different teams since 2008 . Novel interest has been generated by genomic studies that aim to understand the molecular details of different strains.…”