Sequence and analysis of chromosome 2 of Dictyostelium discoideum

Abstract

The genome of the lower eukaryote Dictyostelium discoideum comprises six chromosomes. Here we report the sequence of the largest, chromosome 2, which at 8 megabases (Mb) represents about 25% of the genome. Despite an A + T content of nearly 80%, the chromosome codes for 2,799 predicted protein coding genes and 73 transfer RNA genes. This gene density, about 1 gene per 2.6 kilobases (kb), is surpassed only by Saccharomyces cerevisiae (one per 2 kb) and is similar to that of Schizosaccharomyces pombe (one per 2.5 kb). If we assume that the other chromosomes have a similar gene density, we can expect around 11,000 genes in the D. discoideum genome. A significant number of the genes show higher similarities to genes of vertebrates than to those of other fully sequenced eukaryotes. This analysis strengthens the view that the evolutionary position of D. discoideum is located before the branching of metazoa and fungi but after the divergence of the plant kingdom, placing it close to the base of metazoan evolution.

Segments missing from the draft human genome sequence can be isolated by transformation‐associated recombination cloning in yeast

“…It is not clear if all of the sequences missing from the draft human genome sequence are represented in the bacterial libraries. The recent sequencing of two microbe genomes (Plasmodium falciparum and Dictyostelium discoideum) has shown that a high chromosomal AT content prevents the construction of large-insert BAC libraries (Gardner et al, 2002;Glockner et al, 2002). Only because large genomic fragments of these microbes are clonable in YACs did the authors succeed in constructing scaffolds of contiguous DNA sequence.…”

“…Here, we suggest an approach that may help both with the assessment of the magnitude of the problem, and with its resolution. It has been reported that ATrich genomic fragments and long inverted-repeats are more stable in yeast than in E. coli (Hayashi et al, 1993;Gardner et al, 2002;Glockner et al, 2002). Transformation-associated recombination (TAR) cloning is a recently developed yeast-based method for the selective cloning of a specific chromosomal region from a complex genome.…”

Caracterização molecular da proteína DdI-2 e mapeamento de seus domínios de interação com a proteína fosfatase do tipo-1 de Dictyostelium discoideum

“…A seqüência do cromossomo 2, o maior deles, foi recentemente publicada e corresponde a ~25% do genoma com 2.799 genes preditos. Análises destas seqüências mostraram uma densidade gênica menor em D. discoideum (1 gene/2,6kb) que a observada na levedura S. cerevisiae (1 gene/2kb) (Glockner et al, 2002). O tamanho do genoma de D. discoideum fortalece a visão do seu posicionamento filogenético próximo à base da evolução dos metazoários, anterior à separação dos fungos e metazoários, porém posterior à divergência do reino das plantas (Baldauf et al, 2000;Glockner et al, 2002).…”

“…Análises destas seqüências mostraram uma densidade gênica menor em D. discoideum (1 gene/2,6kb) que a observada na levedura S. cerevisiae (1 gene/2kb) (Glockner et al, 2002). O tamanho do genoma de D. discoideum fortalece a visão do seu posicionamento filogenético próximo à base da evolução dos metazoários, anterior à separação dos fungos e metazoários, porém posterior à divergência do reino das plantas (Baldauf et al, 2000;Glockner et al, 2002). Assim, por ser um eucarioto com um programa de desenvolvimento multicelular simplificado, pode ser útil no estudo da evolução dos metazoários (Aubry & Firtel, 1999 (Loomis et al, 1982;Devreotes, 1989;Kessin & Campagne, 1992;Gross, 1994;Kimmel & Parent, 2003 agregado assume a forma de um monte (agregado compacto) e as células do cume desta estrutura passam a exibir um padrão de expressão gênica distinto das demais.…”

“…O término do seqüenciamento e anotação do cromossomo 2 de D. discoideum confirmaram nossos dados sobre a existência de apenas um gene DdI-2 neste cromossomo (Glockner et al, 2002). Nos diversos organismos estudados, o mRNA do Inibidor-2 é geralmente ubíqüo em todos os tecidos e estágios de desenvolvimento (Roach et al, 1985;MacDougall et al, 1989;Bennett et al, 1999).…”