Sensitivity of seven HIV subtyping tools differs among subtypes/recombinants in the Spanish cohort of naïve HIV-infected patients (CoRIS)

HIV-1 Subtypes and Primary Antiretroviral Resistance Mutations in Antiretroviral Therapy Naive HIV-1 Infected Individuals in Turkey

“…In a recently published study, the authors evaluated the reliability of subtyping tools and phylogenetic analysis using a panel of HIV-1 pol sequences from a cohort of ARTnaive patients derived from the HIV/AIDS Spanish Research Network (CoRIS). Most tools correctly classified subtype B, although up to 15z of non-B sequences were misidentified as subtype B depending on the subtyping tool (29). Our findings were in accordancce with those of the Spanish cohort; however, our results showed that the identification of CRFs of HIV-1 should be based on phylogenetic analysis.…”

“…HIV-1 is usually subtyped using interpretation tools instead of the gold standard phylogenetic analysis method (28,29). However, phylogenetic analysis is time consuming in case of a large number of nucleotide sequences.…”

The First Detected HIV-1 Recombinant Strain in Turkey: CRF08_BC

“…HIV-1'in alt tiplendirmesi, altın standart yöntem olan filogenetik analiz yerine sıklıkla genotipleme aracı programlarıyla (HIV-1 Subtyping Tool) yapılmaktadır 17,18 . Bu programlar [Stanford, Rega, Geno2pheno, Los Alamos National Laboratories (LANL), Agence Nationale de Recherches sur le Sida (ANRS), National Center for Biotechnology Information (NCBI)] erişime açık olup, algoritma kuralları genellikle alt tip B'den in vivo ve in vitro olarak elde edilen verilerle işlemektedir 17 .…”

HIV-1 Subtype Distribution Determined by Phylogenetic Analysis of pol Gene Sequences and Automated Subtyping Tools among HIV-1 Isolates from the Aegian Region of Turkey

“…Yaygın olarak kullanılan araç-lardan Stanford benzerlik, Rega ise filogenetik temellidir. Kullanım kolaylıklarına rağmen, filogenetik analiz ile karşılaştırıldıklarında otomatize sistemlerin, özellikle CRF'ler olmak üzere B dışındaki alttiplerin analizindeki performansları kısıtlıdır 24,25 . Toplumda B dışı alttiplerin prevalansı arttığında otomatize yöntemlerin duyarlılıklarında azalma olduğu bildirilmiştir 24,25 .…”

“…Kullanım kolaylıklarına rağmen, filogenetik analiz ile karşılaştırıldıklarında otomatize sistemlerin, özellikle CRF'ler olmak üzere B dışındaki alttiplerin analizindeki performansları kısıtlıdır 24,25 . Toplumda B dışı alttiplerin prevalansı arttığında otomatize yöntemlerin duyarlılıklarında azalma olduğu bildirilmiştir 24,25 . Los Alamos referans setindeki diziler ile ilişkili bulunamayan altı köken Gen Bankasında araştırıldığında, bunların Fransa'da 2011 yılında izole edilen ve alttip B ile CRF02_AG rekombinantı olarak tanımlanan JN882655 dizisi ile benzerlik gösterdiği belirlenmiştir 26 .…”