Robust regression using iteratively reweighted least-squares

Holland, Paul W.; Welsch, Roy E.

doi:10.1080/03610927708827533

Cited by 1,762 publications

(1,047 citation statements)

References 10 publications

Supporting

Mentioning

1,035

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Since most traditional or generalized linear regression approaches are very sensitive to outliers 23 and since many of the examined cancer samples are hypermutators (i.e., outliers), we leveraged a robust regression model. The robust regression iteratively reweights least squares with a bi-square weighting function and overcomes some (if not most) of the limitations of traditional approaches [24][25][26] . Similarly, we report results using Spearman's rank correlation coefficient since it is more robust to data outliers when compared to Pearson's product-moment correlation coefficient 27 .…”

Section: Statistical Analysis Of Relationships Between Age and Mutationsmentioning

confidence: 99%

Clock-like mutational processes in human somatic cells

et al. 2015

View full text Add to dashboard Cite

During the course of a lifetime somatic cells acquire mutations. Different mutational processes may contribute to the mutations accumulated in a cell, with each imprinting a mutational signature on the cell's genome. Some processes generate mutations throughout life at a constant rate in all individuals and the number of mutations in a cell attributable to these processes will be proportional to the chronological age of the person. Using mutations from 10,250 cancer genomes across 36 cancer types, we investigated clock-like mutational processes that have been operating in normal human cells. Two mutational signatures show clock-like properties. Both exhibit different mutation rates in different tissues. However, their mutation rates are not correlated indicating that the underlying processes are subject to different biological influences. For one signature, the rate of cell division may influence its mutation rate. This study provides the first survey of clock-like mutational processes operative in human somatic cells.

show abstract

Section: Statistical Analysis Of Relationships Between Age and Mutationsmentioning

confidence: 99%

Clock-like mutational processes in human somatic cells

et al. 2015

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…The model described in (7) was fitted separately for the observations contained in each class using a robust linear least squares algorithm (bi-square-weighted iterations) (Holland andWelsch 1997, DuMouchel andO"Brien 1989). Using k i ", k g " and k v ", all PRI observations within each class were normalized to a constant view and illumination geometry (June 21 st solar noon, looking north at a vertical zenith angle of 62 ) to separate physiologically induced changes in PRI from those caused by other effects and permit the examination of changes in canopy NDRI strictly as a function of towermeasured .…”

mentioning

confidence: 99%

Separating physiologically and directionally induced changes in PRI using BRDF models

Hilker¹,

Coops²,

Hall³

et al. 2008

Remote Sensing of Environment

170

150

View full text Add to dashboard Cite

“…Помимо суммирования по всем типам спиральных пар, мы расширим сравнение, включив в него вероятность log(r/d), вычисленную для объединения множеств {A} и {B}. Асимптотическая часть логарифма вероятности как функция логарифма соотношения расстояний аппроксимировалась линейной зависимостью по методу [27]. Данные для регрессии выбирались в диапазоне 0.5 < log(r/d) < 5.…”

Section: регрессионный анализ гистограмм распределения спиральных парunclassified

Statistical Analysis of the Internal Distances of Helical Pairs in Protein Molecules

Тихонов¹

2016

Math.Biol.Bioinf.

View full text Add to dashboard Cite

Аннотация. В данной работе проведен статистический анализ распределения межспиральных расстояний в парах связанных между собой перетяжками спиралей в пространственных структурах белковых молекул. Полученное по определенным правилам множество спиральных пар всех белковых молекул, включенных в Protein Data Bank, разбито на три подмножества по критерию пересечения проекций спиралей на параллельные плоскости, проходящие через оси спиралей. Показано, что распределения расстояний для спиральных пар, проекции которых не имеют пересечений, имеют более дальнодействующий характер, чем те, проекции которых пересекаются. При помощи регрессионного анализа исследован характер распределений, в частности, показано, что в подмножестве без пересечений распределения различных расстояний между осями спиралей относятся к гамма-распределениям. Показано, что подмножества пар с пересечением имеют с большой вероятностью малое отношение минимального расстояния к межплоскостному, в отличие от подмножества пар без пересечения, где наблюдается противоположная картина. Обосновывается вывод о том, что спиральные пары, проекции спиралей которых пересекаются, дополнительно стабилизируются за счет внутренних взаимодействий. Ключевые слова: структурные мотивы белков, спиральные пары в белковых молекулах, точечная модель, статистический анализ, межплоскостное расстояние, минимальное расстояние между осями спиралей. ВВЕДЕНИЕВ настоящее время объектом пристального внимания исследователей являются структурные мотивы, имеющие уникальные укладки полипептидной цепи в пространстве. Такой интерес к структурным мотивам обусловлен уникальностью структур и их возможностью быть зародышами, к которым остальные участки цепи в процессе сворачивания белков могут пристраиваться в соответствии с простыми принципами [1]. Однако, независимо от того, по какому механизму происходит сворачивание белка, структурные мотивы могут быть использованы для создания системы структурной классификации белков [2], а также в качестве стартовых структур для поиска возможных укладок полипептидной цепи при моделировании структуры белков [1,3]. Обычно (однако, не всегда) структурный мотив является комбинацией нескольких элементов вторичной структуры. Простейшими являются структурные * dmitry

show abstract

Robust regression using iteratively reweighted least-squares

Cited by 1,762 publications

References 10 publications

Clock-like mutational processes in human somatic cells

Clock-like mutational processes in human somatic cells

Separating physiologically and directionally induced changes in PRI using BRDF models

Statistical Analysis of the Internal Distances of Helical Pairs in Protein Molecules

Contact Info

Product

Resources

About