“…Examples of external references in the literature are tissue markers ( Ourselin et al, 2001 , Streicher et al, 2000 ), drill holes ( Streicher et al, 1997 ), template or atlas ( Ali and Cohen, 1998 , He et al, 1995 , Ju et al, 2006 , Timsari et al, 1999 ), structural probability map ( Müller et al, 2014 ), MRI ( Adler et al, 2014 , Adler et al, 2012 , Ceritoglu et al, 2010 , Gibb et al, 2012 , Gilbert et al, 2012 , Malandain et al, 2004 , Mansoori et al, 2007 , Ourselin et al, 2001 , Rusu et al, 2015 , Schormann et al, 1995 , Thompson and Toga, 1996 ), CT ( Atkinson, 2014 ), micro-CT ( Khimchenko et al, 2016 ) or 2D images of the tissue surface at the cut side of the embedded tissue, a.k.a. blockface images ( Bardinet et al, 2002 , Gefen et al, 2003 , Kim et al, 1997 , Mega et al, 1997 , Ourselin et al, 2001 , Schubert et al, 2016 , Siedlecka et al, 2013a , Siedlecka et al, 2013b , Toga et al, 1994 ).…”