Resin tapping transcriptome in adult slash pine (Pinus elliottii var. elliottii)

Junkes, Camila Fernanda de Oliveira; Júnior, Artur Teixeira de Araújo; Lima, Júlio César de; Costa, Fernanda de; Füller, Thanise Nogueira; Almeida, Márcia Rodrigues de; Neis, Franciele Antônia; Rodrigues-Corrêa, Kelly Cristine da Silva; Fett, Janette Palma; Fett-Neto, Arthur Germano

doi:10.1016/j.indcrop.2019.111545

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“…Only 1.73% of the annotating the high-quality isoforms in this research (Figure 2) were homologous to Pinus taeda, which showed that the published Pinus taeda genome is not the good choice as P. elliottii reference. Resin tapping transcriptome generated using SGS in adult slash pine was just published [14], which provided hundreds of candidate genes for genetic study for the first time. However, the sequences are not suited for reference at exome level because the sequences using SGS mostly are random, short sequences and not full-length transcriptomes.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…The mean length of 80,339 high-accuracy transcripts generated using TGS in this research reached 2366.99 bp and the 1,058,173 reads (excluded <300 bp in length) reached 2264 bp, while the average length of unigenes using SGS in the other conifers is from 547.26bp to 1368.09bp ( Table 2). The mean length of the first published slash pine resin tapping transcriptome generated using SGS is about several hundreds of bp [14]. There are 15,653 high-confidence transcripts covering >30 Mbp of the genome in P. taeda with an average coding sequence length of 1295 bp [10].…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

“…TGS could be a good strategy to obtain the exome of the Pinus species.Genome-wide analyses of Pinus elliottii Engelm are difficult, like those of other pines, because the genome size of P. elliottii is about 22 G [8]. Acosta et al [13] were the first to design the oligonucleotide probes for P. taeda to capture a partial exome of P. elliottii based on the high genome similarity between P. elliottii and P. taeda and de Oliveira Junkes et al [14] anchored filtered short reads generated using SGS technology to the reference genome of P. taeda. However, the complete transcriptional landscape of slash pine is still unknown.…”

mentioning

confidence: 99%

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A Complete Transcriptional Landscape Analysis of Pinus elliottii Engelm. Using Third-Generation Sequencing and Comparative Analysis in the Pinus Phylogeny

Ding

Luan

Jiang

2019

Forests

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The planting of Pinus elliottii Engelm. has now reached close to three million ha in China. Molecular breeding as part of the improvement program for P. elliottii in southern China has been carried out in recent years. Third-generation sequencing (Pacbio sequencing technology, TGS) was used to obtain the exome of P. elliottii for molecular breeding. A total of 35.8 Gb clean reads were generated using TGS. After removing the redundant reads, we obtained 80,339 high-accuracy transcripts. Significantly, a total of 76,411 transcripts (95.1%) were blasted to public annotation databases. We predicted 65,062 intact coding sequences (CDSs), 8916 alternative splicing events, 1937 long non-coding RNAs, and 22,109 simple sequence repeats (SSRs) based on these obtained transcripts. Using the public databases and the data obtained above, 23 orthologous single-copy genes were identified to analyze the phylogenetic relationships for Pinus firstly including P. elliottii. Many positive selection genes involved in important biological processes and metabolism pathways were identified between P. elliottii and other pines. These positive selection genes could be candidate genes to be researched on the genetic basis of superior performance. Our study is the first to reveal the full-length and well-annotated transcripts of P. elliottii, which could provide reference for short transcriptome sequences in the research of genetics, phylogenetics, and genetic improvement for the non-reference genome species.Forests 2019, 10, 942 2 of 21 and are highly heterozygous. Like other conifers, the genome assembly of pines is also very difficult to determine because of our inability to obtain inbreeding lines [6]. The genome size of pines is about 17-35 gigabase pairs (Gb) [8]. The fist pine genome of Pinus taeda (22 Gb) was first published in 2014 [9,10]. Subsequently, the genome of Pinus lambertiana (31 Gb) was published [11]. The published pine genome contains highly abundant transposable elements. These published pine species genomes provide important genetic information for Pinus genetic study. However, interspecific divergences make it difficult for other pines to reference these published genomes. Whole genome sequencing is complex, time-consuming, and expensive. Thus, a better strategy is needed to obtain genome information for pines. Single-molecule, real-time (SMRT) sequencing developed by Pacific BioSciences (PacBio) is a third-generation sequencing (TGS) technology, more concisely referred to as "PacBio sequencing". PacBio sequencing has been widely used to sequence full-length transcripts and is well-suited for the non-reference species to obtain a complete transcriptional landscape [12]. TGS could generate full-length cDNA sequences, which would help provide a reference for second-generation sequencing (SGS) technologies in the assembling process and prediction of coding sequences (CDS), simple sequence repeat (SSR), long non-coding RNAs (long ncRNAs, lncRNAs), and alternative splicing (AS) events. Based on the full-length transcript ...

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Section: Discussionmentioning

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A Complete Transcriptional Landscape Analysis of Pinus elliottii Engelm. Using Third-Generation Sequencing and Comparative Analysis in the Pinus Phylogeny

Ding

Luan

Jiang

2019

Forests

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“…Ao contrário de temperaturas altas em que podem influenciar desde o rendimento da oleoresina presente no recipiente de coleta, devido a evaporação dos componentes e até mesmo no desempenho da árvore na exsudação da substância. Também, a abertura da estria no painel é mais um fator determinante na produção de resina e é por isso que se utilizam as pastas ácidas, em que atuam no prolongamento do período de exsudação (DE OLIVEIRA JUNKES et al, 2019).…”

Section: Fonte: Própria (2020)unclassified

Uma Breve Abordagem Sobre a Resina De Pinus: Da Extração À Aplicação

Júnior¹,

Oliveira²,

Lopes³

2020

Sociedade 5.0: Educação,ciência,tecnologia E Amor

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RESUMOO setor de produtos florestais é fundamental para o desenvolvimento de um país. Ainda mais quando se trata do Brasil, reconhecido internacionalmente pelas grande extensão territorial e condições climáticas favoráveis para o manejo florestal. Nos últimos anos, observa-se que o país vem se destacando com a prática de silvicultura, somando números valiosos para a economia. Entre os recursos florestais mais importantes para se obter o êxito nesse segmento está um produto não madeireiro, a resina natural. A resina obtida principalmente de coníferas, se tornou expressiva com o passar dos anos no Brasil, principalmente devido aos incentivos fiscais ofertados nas décadas de 1960/1970 pelo Governo. Desde então, a área de florestas plantadas passou de 10 milhões de hectares. A goma é uma substância inflamável, de coloração amarelada, odor forte e insolúvel na presença de água. A partir dessa matériaprima obtém-se dois componentes que são intrínsecos à indústria química, o breu e a terebentina. Esses compostos podem ser utilizados para uma infinidade de aplicações, como: tintas, vernizes, adesivos, colas, perfumes, bioherbicidas, bioinseticidas, produtos de higiene pessoal, medicamentos e entre outros. O setor de produtos derivados da resina tem conquistado notoriedade na indústria de transformação e as potencialidades desse nicho de mercado é a principal motivação desta pesquisa, que aproveitou esta oportunidade para apresentar uma breve abordagem sobre a resina de pinus, desde a extração à aplicação. Portanto, neste trabalho são apresentados uma visão geral sobre o contexto da resinagem no Brasil; os dados econômicos do segmento; as variáveis que influenciam na produção de resina; os processos industriais de separação dos componentes principais da goma (breu e terebentina); uma breve discussão das principais aplicações tecnológicas da resina natural e seus derivados; e por último, as perspectivas do setor florestal para o ramo de resinosos. Palavras-Chave: recursos florestais não madeireiros, resinagem, produtos resinosos, breu, terebentina. RESUMENEl sector de productos forestales es fundamental para el desarrollo de un país. Más aún cuando se trata de Brasil, reconocido internacionalmente por su gran extensión territorial y condiciones climáticas favorables para el manejo forestal. En los últimos años, se observa que el país se ha destacado por la

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“…La resina que queda adherida en las trozas de pino listas para el transporte; una vez procesadas en la planta para la obtención de la pulpa para papel, consumen gran cantidad de sustancias químicas en el proceso de deslignificación y aumenta la carga contaminante en la planta de tratamiento de agua residual. La no resinación de las variedades de Pino patula y Pino oocarpa, hacen que los subproductos obtenidos del tratamiento químico de la resina se tengan que importar [4,5]. Es importante en la región y en Colombia estudiar, organizar y orientar la fabricación de productos con valor agregado, a partir de desechos lignocelulósicos, mediante la instalación de plantas adecuadas para este fin.…”

Section: Introductionunclassified

Aprovechamiento integral de residuos lignocelulósicos

Corredor

Sarria-Villa

2019

Jou.Cie.Ing.

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Las especies Pinus patula y Pinus oocarpa entre otros son unas de las coníferas más cultivadas en el departamento del Cauca, su follaje contiene cierta cantidad de aceites esenciales, los cuales son usados en la industria cosmética y farmacéutica principalmente. La corteza de estas especies maderables es rica en compuestos polifenólicos, empleados en la fabricación de colorantes, resinas y compuestos con actividad antioxidante. Muchas de estas especies forestales son ricas en resinas naturales a partir de las cuales se pueden obtener resinas con aplicaciones industriales y líquidos con características aromáticas. Igualmente, el aserrín que se genera en su procesamiento puede ser empleado para producir biocombustibles y material combustible.

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Resin tapping transcriptome in adult slash pine (Pinus elliottii var. elliottii)

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A Complete Transcriptional Landscape Analysis of Pinus elliottii Engelm. Using Third-Generation Sequencing and Comparative Analysis in the Pinus Phylogeny

A Complete Transcriptional Landscape Analysis of Pinus elliottii Engelm. Using Third-Generation Sequencing and Comparative Analysis in the Pinus Phylogeny

Uma Breve Abordagem Sobre a Resina De Pinus: Da Extração À Aplicação

Aprovechamiento integral de residuos lignocelulósicos

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