Ferramentas de identificação baseadas em DNA são de suma importância em estudos genéticos de plantas, onde o isolamento e a purificação são passos cruciais. O objetivo do presente estudo foi testar a eficiência de métodos de conservação e de maceração de materiais biológicos na extração de DNA genômico de folha e estipe de x Butyagrus nabonnandii (Prosch.) Vorster. Os dados foram analisados com ajuda do software Genes via análise de variância, considerando o esquema fatorial 3x2x2x2, com três repetições (três espécimes do híbrido; dois tipos de material biológico, estipe e folha; dois tipos de conservação, fresco e desidratado; dois tipos de maceração, com e sem nitrogênio líquido). As médias foram analisadas pelo teste Tukey a 5% de probabilidade de erro. O DNA genômico foi avaliado por espectrofotometria para determinar a concentração. A integridade foi determinada por eletroforese em gel de agarose. Foram utilizados dois primers da família gênica WRKY para testar a qualidade do DNA obtido em reações de PCR. As análises estatísticas revelaram diferenças significativas nas concentrações de DNA entre os métodos avaliados. Obteve-se maiores quantidades de DNA a partir da extração de folhas frescas quando comparadas às folhas desidratadas. O rendimento do DNA a partir de estipe fresco e desidratado não variou entre os métodos testados. O uso de nitrogênio líquido pode ser dispensado, conforme resultado dos padrões das bandas nas reações de PCR. Foi possível extrair DNA de qualidade e quantidades suficientes dos materiais biológicos de x B. nabonnandii, que amplificaram as regiões genômicas de interesse.