Recurrent intragenic rearrangements of EGFR and BRAF in soft tissue tumors of infants

Abstract

Soft tissue tumors of infancy encompass an overlapping spectrum of diseases that pose unique diagnostic and clinical challenges. We studied genomes and transcriptomes of cryptogenic congenital mesoblastic nephroma (CMN), and extended our findings to five anatomically or histologically related soft tissue tumors: infantile fibrosarcoma (IFS), nephroblastomatosis, Wilms tumor, malignant rhabdoid tumor, and clear cell sarcoma of the kidney. A key finding is recurrent mutation of EGFR in CMN by internal tandem duplication of the kinase domain, thus delineating CMN from other childhood renal tumors. Furthermore, we identify BRAF intragenic rearrangements in CMN and IFS. Collectively these findings reveal novel diagnostic markers and therapeutic strategies and highlight a prominent role of isolated intragenic rearrangements as drivers of infant tumors.

Recurrent RET gene fusions in paediatric spindle mesenchymal neoplasms*

“…Moreover, novel gene fusions are described with increasing frequency, particularly within the subset of fibroblastic/myofibroblastic tumours. Overlapping gene fusion events with rearrangements involving ALK , BRAF , NTRK1 , NTRK2 , NTRK3 , MET and others have recently been described as recurrent findings in these tumours 1–8 …”

Congenital mesoblastic nephroma. Own experience of the Research Institute of Pediatric Oncology and Hematology of N.N. Blokhin National Medical Research Centre of Oncology, Ministry of Health of Russia

“…В журнале Nature Сommunications в 2018 г. были опубликованы результаты исследовательской группы, по их данным при ВМН клеточного типа, без выявленного гена ETV6/NTRK3, в некоторых случаях обнаруживается мутация в генах BRAF или NTRK1. В 70 % случаев при классическом и смешанном типах ВМН выявляется мутация EGFR [13].…”

Successful targeted therapy in a patient with transformation of a BRAF-mutated ameloblastoma into an undifferentiated round-cell sarcoma

“…Следует отметить, что мутация в гене BRAF выявляется при целом ряде опухолей, так, в 50 % случаев она определяется при меланоме, в 40 % опухолей щитовидной железы, в 30 % случаев опухолей яичников, в 10 % опухолей кишечника и 5 % опухолей предстательной железы [9]. В детской онкологии мутация в гене BRAF выявляется при гистиоцитозе из клеток Лангерганса [10], меланоме [11], редко при врожденной мезобластической нефроме, инфантильной фибросаркоме, глиобластоме [12,13].…”