Real-Time PCR: Revolutionizing Detection and Expression Analysis of Genes

Deepak, S. A.; Kottapalli, KR; Rakwal, Randeep; Oros, Gyula; Rangappa, K. S.; Iwahashi, Hitoshi; Masuo, Yoshinori; Agrawal, GK

doi:10.2174/138920207781386960

Cited by 174 publications

(131 citation statements)

References 245 publications

Supporting

Mentioning

124

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…DNA in several infected herbaceous hosts has been previously performed by PCR-based quantitative procedures Heinz et al 1998;Dan et al 2001). However, real-time quantitative PCR (RT-qPCR) technology enables the quantification of nucleic acids in unknown samples by a direct comparison to standards amplified in parallel reactions (Morrison et al 1999;Deepak et al 2007). It is more accurate and less time consuming than conventional, end-point quantitative PCR because it monitors PCR products before reaction components become limiting.…”

Section: Pre-planting Measures To Control Vwomentioning

confidence: 99%

Verticillium wilt of olive: a case study to implement an integrated strategy to control a soil-borne pathogen

2010

View full text Add to dashboard Cite

Olive (Olea europaea L.) is one of the first domesticated and cultivated tree species and has historical, social and economical relevance. However, its future as a strategic commodity in Mediterranean agriculture is threatened by diverse biotic (traditional and new/emerging pests and diseases) and abiotic (erosion, climate change) menaces. These problems could also be of relevance for new geographical areas where olive cultivation is not traditional but is increasingly spreading (i.e., South America, Australia, etc). One of the major constraints for olive cultivation is Verticillium wilt, a vascular disease caused by the soil-borne fungus Verticillium dahliae Kleb. In this review we describe how Verticillium wilt of olive (VWO) has become a major problem for olive cultivation during the last two decades. Similar to other vascular diseases, VWO is difficult to manage and single control measure are mostly ineffective. Therefore, an integrated disease management strategy that fits modern sustainable agriculture criteria must be implemented. Multidisciplinary research efforts and advances to understand this pathosystem and to develop appropriate control measures are summarized. The main conclusion is that a holistic approach is the best strategy to effectively control VWO, integrating biological, chemical, physical, and cultural approaches.

show abstract

Section: Pre-planting Measures To Control Vwomentioning

confidence: 99%

Verticillium wilt of olive: a case study to implement an integrated strategy to control a soil-borne pathogen

2010

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…during the reaction, led to the set-up of quantitative real-time PCR (qRT-PCR), which has become a common tool for detecting and quantifying the expression profi les of selected genes. [18] Recent progress in DNA sequencing technology has allowed the generation of large quantities of nucleotide sequence data in a short period of time. [19] Moreover, technological advances in plant gene isolation and identifi cation, such as map-based cloning, insertional mutagenesis and large-scale cDNA sequencing, have accelerated the rate of gene isolation and signifi cantly expanded opportunities for the genetic engineering of crop plants.…”

Section: Pcr Sequencing and Rflpmentioning

confidence: 99%

PCR, sequencing and PCR–RFLP of the 5S‐rRNA‐NTS region as a tool for the DNA fingerprinting of medicinal and aromatic plants

Varese

Bertea

Maffei

2010

Flavour & Fragrance J

View full text Add to dashboard Cite

Molecular genetic methods have several advantages over classical morphological and chemical analyses. For instance, the genetic method requires genotype instead of phenotype, therefore DNA-based techniques have been widely used for rapid identifi cation of herbal medicine and aromatic plants. Using PCR approaches, nanogram quantities of DNA are required to amplify and yield suffi cient amounts of template DNA for molecular genetic analysis. Recently, the molecular discrimination of some higher plant species has been evaluated using sequences of a 5S-rRNA gene spacer region. The variation in the non-transcribed sequence (NTS) region has been used in a number of plant species for studying intraspecifi c variation, mapping 5S rDNA arrays, genome evolution and phylogenetic reconstruction. In this minireview we summarize the potential use of the 5S-rRNA-NTS region as a tool for the DNA fi ngerprinting of medicinal and aromatic plants.

show abstract

“…A PCR-reakció fejlesztésében fordulópontot jelentett a real-time (valós idejű) PCR, amelynek korai szakaszában a reakció során a PCR-termékkel interkaláló festék, a Sybrgreen fl uoreszcenciáját folyamatosan detektálták. Ezt követően különböző reakciókkal a PCR-t kvantitatívvá tették (Q-PCR), amelyek közül a PCR-termékhez specifi kusan kötődő fl uoreszcens próbák (példá-ul TaqMan ® ) alkalmazása terjedt el legnagyobb mérték-ben és ennek lett legnagyobb a diagnosztikai jelentősége is [5]. A real-time PCR és az RT-PCR kombinálásával (Q-RT-PCR) a génexpresszió és a vírusrészecskék kvantifi kálása [6,7] is lehetővé vált.…”

Section: A Pcr-alapú Módszerek Jellemzői éS Alkalmazási Lehetőségei éunclassified

Élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálásának fejlesztése miniatürizált mikrofluidikai eszközök segítségével

Iván

Maráz

2015

Orvosi Hetilap

View full text Add to dashboard Cite

A biztonságos élelmiszerek előállítása szempontjából kulcsfontosságú az élelmiszerrel terjedő patogén baktériumok kimutatása és azonosítása. A hagyományos, tenyésztésen alapuló diagnosztikai eljárásokat egyre inkább felváltják vagy kiegészítik a nukleinsav-alapú, a genom speciális (elsősorban virulencia) génjeinek kimutatását célzó molekuláris technikák. A rutin élelmiszer-mikrobiológiai vizsgáló laboratóriumok leggyakrabban nemzetközileg validált DNSamplifi kációs, elsősorban valós idejű polimeráz láncreakció alapú módszereket alkalmaznak, amelyek a vizsgálati idő jelentős lerövidítése mellett lényegesen javítják a módszerek teljesítési jellemzőit (például érzékenység, specifi kusság) is. A polimeráz láncreakció alapú módszereknek rutindiagnosztikai célú alkalmazása azonban az előnyök mellett szá-mos hátránnyal is jár, amelyek között említendő a készülékek és a reagensek magas költsége, valamint a laboratóriumi környezetnek a reakciótermékekkel való kontaminálási kockázata, ami elkülönített laboratóriumi rendszert igényel. Manapság az ilyen laboratóriumi rendszerek miniatürizálása és hordozhatóvá tétele is fontos fejlesztési irány. A Labon-a-chip eszközökben több ilyen laboratóriumi műveletet lehet megvalósítani egy kis méretű eszközön, a standard eljárásokhoz hasonló pontossággal és megbízhatósággal. Ezen miniatürizált eszközök nagy előnye az egyszerű -sokszor automatizált -kezelhetőség, kis méret, hordozhatóság és sterilitás, ami az egyszeri használatból adódik. Ilyen miniatürizált gyorsdiagnosztikai eszközök kutatása és fejlesztése folyik a világ vezető kutatóhelyein, például különbö-ző minta-előkészítési és DNS-amplifi kációs módszerek miniatürizálásával. A szerzők is ezt a célt tűzték ki kutatásaik-ban: olyan miniatürizált mikrofl uidikai eszközök fejlesztését, amelyek alkalmasak élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálására. Orv. Hetil., 2015, 156(51), 2082-2088.Kulcsszavak: élelmiszer-biztonság, baktériumdiagnosztika, Lab-on-a-chip, mikrofl uidikai eszközök Development of molecular detection of food-borne pathogenic bacteria using miniaturized microfl uidic devicesDetection and identifi cation of food-borne pathogenic bacteria are key points for the assurance of microbiological food safety. Traditional culture-based methods are more and more replaced by or supplemented with nucleic acid based molecular techniques, targeting specifi c (preferably virulence) genes in the genomes. Internationally validated DNA amplifi cation -most frequently real-time polymerase chain reaction -methods are applied by the food microbiological testing laboratories for routine analysis, which will result not only in shortening the time for results but they also improve the performance characteristics (e.g. sensitivity, specifi city) of the methods. Beside numerous advantages of the polymerase chain reaction based techniques for routine microbiological analysis certain drawbacks have to be mentioned, such as the high cost of the equipment and reagents, as well as the risk of contamination of the labora...

show abstract

Real-Time PCR: Revolutionizing Detection and Expression Analysis of Genes

Cited by 174 publications

References 245 publications

Verticillium wilt of olive: a case study to implement an integrated strategy to control a soil-borne pathogen

Verticillium wilt of olive: a case study to implement an integrated strategy to control a soil-borne pathogen

PCR, sequencing and PCR–RFLP of the 5S‐rRNA‐NTS region as a tool for the DNA fingerprinting of medicinal and aromatic plants

Élelmiszer-biztonsági jelentőségű baktériumok molekuláris detektálásának fejlesztése miniatürizált mikrofluidikai eszközök segítségével

Contact Info

Product

Resources

About