Rapid and Efficient Isolation of High Quality DNA from Cassava (Manihot esculenta Crantz) Suitable for PCR Based Downstream Applications

Osena, Gilbert; Nyaboga, Evans N.; Amugune, Nelson Onzere

doi:10.9734/arrb/2017/32195

Cited by 9 publications

(7 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…PCR), we can detect SLCMV from infected samples by amplifying a region of the Rep/AC1 viral gene anda cassava's housekeeping gene, Beta-Actin. As our results, a modified DNA extraction method, from Mason, Caciagli, Accotto, and Noris (2008) and Osena, Nyaboga, and Amugune (2017), namely R-kit, gained high ssDNA content from young lamina tissue (from lobes) leaf tissue. Therefore, R-kit is recommended to be used for further ssDNAusing studies.…”

supporting

confidence: 57%

Bước đầu Nghiên cứu sự Hiện diện của Sri Lankan Cassava Mosaic Virus (SLCMV) trên Sắn (Manihot esculenta Crantz 1766)

Như¹,

Ngọc²,

Kông³

et al. 2022

HCMCOUJS - KỸ THUẬT VÀ CÔNG NGHỆ

View full text Add to dashboard Cite

Các khảo cứu về Sri Lankan Cassava Mosaic Virus (SLCMV) ở tải lượng virus thấp trên cây sắn (Manihot esculenta Crantz 1766), đặc biệt là giống kháng virus hoặc giống sạch bệnh thường đòi hỏi cao về hiệu suất tách chiết và phát hiện DNA mạch đơn của virus (ssDNA). Trong nghiên cứu, bốn quy trình ly trích DNA tổng sổ khác nhau được dùng nhằm mục đích tách được hàm lượng ssDNA cao. Đồng thời, sử dụng quy trình Polymerase chain reaction (PCR) và Real-time PCR (RT-PCR) để phát hiện sự hiện diện của SLCMV với các cặp mồi nhân bản gen Rep/AC1 của virus và cặp mồi nhân bản gen nội chuẩn Beta-Actin của sắn. Kết quả cho thấy, quy trình ly trích DNA cải tiến từ Mason, Caciagli, Accotto và Noris (2008) và Osena, Nyaboga và Amugune (2017), tạm gọi là R-kit, cho hàm lượng ssDNA tương đối cao tại vị trí thùy lá, được đề nghị sử dụng. Quy trình PCR và RT-PCR kiểm tra được sự hiện diện của SLCMV trên vật liệu nhiễm bệnh. Ngoài ra, quy trình RT-PCR với cặp mồi SqPCR1 và probe đặc hiệu cho phép phát hiện tín hiệu SLCMV trong mẫu lá bệnh. Hệ số nhân bản gen của cặp mồi SqPCR1 (1.851X) và Beta-Actin (1.896X) cho phép thực hiện đồng thời và phân tích kết quả cùng nhau. Ngưỡng phát hiện của RT-PCR cũng ở mức pha loãng cao hơn PCR cơ sở hỗ trợ các khảo cứu SLCMV ở tải lượng thấp trên cây mô hình và giống kháng.

show abstract

supporting

confidence: 57%

Bước đầu Nghiên cứu sự Hiện diện của Sri Lankan Cassava Mosaic Virus (SLCMV) trên Sắn (Manihot esculenta Crantz 1766)

Như¹,

Ngọc²,

Kông³

et al. 2022

HCMCOUJS - KỸ THUẬT VÀ CÔNG NGHỆ

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Use of high concentration of PVP improved the quality of DNA by removing secondary metabolites during genomic DNA extraction process (John, 1992;Osena et al, 2017). The modified protocol used 5% PVP in 2% CTAB buffer which was effective in the elimination of polyphenols that resulted in the extraction of clear DNA pellets.…”

Section: Discussionmentioning

confidence: 99%

DNA isolation and optimization of PCR protocol for ISSR analysis of Girardinia diversifolia: A medicinal and economic plant species from Nepal Himalaya

Subedee¹,

Tripathi²,

Chaudhary³

2020

Afr. J. Biotechnol.

View full text Add to dashboard Cite

“…Total genomic DNA from cecal content samples was extracted using the CTAB/SDS method (Osena et al, 2017). The 16S rRNA gene comprising V3-V4 regions was amplified by PCR using universal bacterial primers which were 341F (5′-ACT CCTACGGGAGGCAGCAG-3′) and 806R (5′-GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3′).…”

Section: Detection Of Gut Microbial Communitymentioning

confidence: 99%

Paeoniae Radix Rubra can enhance fatty acid β-oxidation and alleviate gut microbiota disorder in α-naphthyl isothiocyanate induced cholestatic model rats

Wang

et al. 2022

Front. Pharmacol.

View full text Add to dashboard Cite

Cholestasis is the most destructive pathological manifestation of liver disease and available treatments are very limited. Paeoniae Radix Rubra (PRR) is an important traditional Chinese drug used to treat cholestasis. This study combined targeted metabonomics, PCR array analysis, and 16S rRNA sequencing analysis to further clarify the mechanisms of PRR in the treatment of cholestasis. PRR conspicuously reversed the elevation of fatty acids (FFA 14:0 and other 14 fatty acids) and the decrease of organic acids (pyruvic acid and citric acid) in a cholestatic model induced by α-naphthyl isothiocyanate (ANIT). Eight elevated amino acids (L-proline, etc.) and five elevated secondary bile acids (taurohyodeoxycholic acid, etc.) in model rats were also reduced by PRR. Pathway analysis revealed that PRR significantly alleviated eight pathways (β-alanine metabolism). Furthermore, we found that PRR significantly reversed the decrease of Cpt1a, Hadha, Ppara, and Slc25a20 (four genes relevant to fatty acid β-oxidation) mRNAs caused by ANIT, and PRR conspicuously decreased nine acylcarnitines (the forms of fatty acids into mitochondria for β-oxidation) that increased in model rats. These results indicate that PRR could enhance fatty acid β-oxidation, which may be the way for PRR to reduce the levels of 15 fatty acids in the serum of model rats. 16S rRNA sequencing analysis revealed that PRR alleviated gut microbiota disorders in model rats, including upregulating four genera (Coprococcus, Lactobacillus, etc.) and downregulating four genera (Bacteroides, Escherichia, etc.). As the relative abundance of these eight genera was significantly correlated with the levels of the five secondary bile acids (deoxycholic acid, taurolithocholic acid, etc.) reduced by PRR, and Bacteroides and Escherichia were reported to promote the production of secondary bile acid, we inferred that the downregulation of PRR on five secondary bile acids in model rats was inseparable from gut microbiota. Thus, the gut microbiota also might be a potential pharmacological target for the anticholestatic activity of PRR. In conclusion, we consider that the mechanisms of PRR in treating cholestasis include enhancing fatty acid β-oxidation and alleviating gut microbiota disorders.

show abstract

Rapid and Efficient Isolation of High Quality DNA from Cassava (Manihot esculenta Crantz) Suitable for PCR Based Downstream Applications

Cited by 9 publications

References 0 publications

Bước đầu Nghiên cứu sự Hiện diện của Sri Lankan Cassava Mosaic Virus (SLCMV) trên Sắn (Manihot esculenta Crantz 1766)

Bước đầu Nghiên cứu sự Hiện diện của Sri Lankan Cassava Mosaic Virus (SLCMV) trên Sắn (Manihot esculenta Crantz 1766)

DNA isolation and optimization of PCR protocol for ISSR analysis of Girardinia diversifolia: A medicinal and economic plant species from Nepal Himalaya

Paeoniae Radix Rubra can enhance fatty acid β-oxidation and alleviate gut microbiota disorder in α-naphthyl isothiocyanate induced cholestatic model rats

Contact Info

Product

Resources

About