A gestão clínica da infecção por Clostridioides difficile representa um desafio significativo, uma vez que a resposta subótima à terapia convencional impõem ao indivíduo um quadro de refratariedade e severidade de doença, que resulta em internamento para tratamentos prolongados, elevação de morbimortalidade e incremento de despesas ao sistema de saúde. O presente estudo teve, como objetivo, avaliar a efetividade de diferentes estratégias de transplante de microbiota fecal no tratamento inicial de infecção por Clostridioides difficile (CDI) ou infecção recorrente por C. difficile (rCDI). Para tanto, foi realizada uma revisão sistemática de ensaios clínicos randomizados, orientada pelo Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions e relatada utilizando como referência o Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses. Foi realizada uma busca sistemática nas bases internacionais Pubmed, Embase, Web of Science e Cochrane. Foram incluídos estudos que descrevessem o transplante de microbiota fecal no tratamento da CDI, considerando diferentes estratégias de administração, para os desfechos remissão clínica da diarreia e segurança da intervenção. Um total de 1037 pacientes com CDI foram recrutados em 14 estudos. Dentre os 846 pacientes tratados com transplante de microbiota fecal, 708 (84%) apresentaram resolução clínica da diarreia, sendo 392 (55%) com administração única, e 249 (45%) com duas ou mais administrações. O perfil de segurança demonstrou uma taxa de eventos adversos não significativa. As evidências científicas atualmente disponíveis sobre a utilização do transplante de microbiota fecal para o tratamento de CDI, apresentaram qualidade moderada. No entanto, o transplante de microbiota fecal apresenta-se como uma alternativa importante de tratamento, mediante a refratariedade das terapêuticas convencionais demandando de acordo com os resultados desta revisão, a necessidade de novos estudos para estabelecer a efetividade e segurança da intervenção.