Random SNP Events for Diabetes and Their Molecular Interaction Neighborhood

Abstract

Genomik çalışmalar, tip 2 diabetes mellitus (T2DM) dahil olmak üzere, birçok hastalık ve diğer fenotiplerle önemli ilişkileri olan Tek Nükleotid Polimorfizmleri koleksiyonu sunmaktadır. T2DM ilişkili SNP olaylarının frekansı genom düzeyinde rastgeleleştirme analiziyle incelenebilir. SNP olayları ile eşleştirilen genlere dayanarak, moleküler etkileşim düzeyindeki etkiler incelenebilir. Gereç ve Yöntemler: İnsan genomu için rastgele SNP olayları oluşturuldu. Farklı T2DM ilişkili SNP olaylarının frekansları incelendi. SNP olaylarıyla eşleştirilmiş genler elde edildi ve bu genlerin doğrudan moleküler etkileşim komşuları incelendi. Ayrıca İnsülin Sinyalleşmesi (IS) Yolağının, T2DM ilişkili SNP olaylarının hedefinde olup olmadığı kontrol edildi. Bulgular: En az bir adet T2DM ilişkili SNP'nin rastgele olarak gözlemlenmesi olası olarak bulundu. Ağ komşuluğu göz önüne alındığında, rastgele SNP olaylarının etkisi genişledi. Bazı SNP'ler ve bunlarla eşleştirilmiş olan genler, diğerlerine göre daha sıkça hedeflendi. IS Yolağı üyeleri nadiren hedeflendi, ancak ağ komşuluğu bu yolağa olan etkiyi de genişletti. Sonuç: Bireysel genomlarda rastgele beklenen varyasyonlar diyabet duyarlılığını muhtemelen etkiler. Ağ düzeyi etkileşimler genomik varyasyonların etkisini genişletir.