Race and ancestry in biomedical research: exploring the challenges

Caulfield, Timothy; Fullerton, Stephanie M.; Ali‐Khan, Sarah E.; Arbour, Laura; Burchard, Esteban G.; Cooper, Richard S.; Hardy, Billie-Jo; Harry, Simrat; Hyde-Lay, Robyn; Kahn, Jonathan; Kittles, Rick A.; Koenig, Barbara A.; Lee, Sandra S.J.; Malinowski, Michael J.; Ravitsky, Vardit; Sankar, Pamela; Scherer, Stephen W.; Séguin, Béatrice; Shickle, Darren; Suarez‐Kurtz, Guilherme; Daar, Abdallah S.

doi:10.1186/gm8

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“…5 This discrepancy may arise owing to the fluctuations in racial definitions, clinal variations, social/lifestyle contexts, population migration and historical perspectives. 20,21 These observations strengthens the notion that warfarin dosing algorithms will be microgeographically defined population-specific.…”

Section: Vkorc1_9041 N (%)supporting

confidence: 65%

Warfarin pharmacogenetics: development of a dosing algorithm for Omani patients

et al. 2012

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The objective of our present study was to develop a warfarin dosing algorithm for the Omani patients, as performances of warfarin dosing algorithms vary across populations with impact on the daily maintenance dose. We studied the functional polymorphisms of CYP2C9, CYP4F2 and VKORC1 genes to evaluate their impact on the warfarin maintenance dose in an admixed Omani patient cohort with Caucasian, African and Asian ancestries. We observed a 64-fold inter-patient variability for warfarin to achieve stable international normalized ratio in these patients. Univariate analysis revealed that age, gender, weight, atrial fibrillation, deep vein thrombosis/pulmonary embolism and variant genotypes of CYP2C9 and VKORC1 loci were significantly associated with warfarin dose in the studied patient population. However, multiple regression model showed that only the atrial fibrillation, and homozygous CYP2C9 variant genotypes (*2/*3 and *3/*3) and VKORC1 GA and AA genotypes remained significant. A multivariate model, which included demographic, clinical and pharmacogenetic variables together explained 63% of the overall inter-patient variability in warfarin dose requirement in this microgeographically defined, ethnically admixed Omani patient cohort on warfarin. This locally developed model performed much better than the International Warfarin Pharmacogenetics Consortium (IWPC) model as the latter could only explain 34% of the inter-patient variability in Omani patients. VKORC1 3673G4A polymorphism emerged as the single most important predictor of warfarin dose variability, even in this admixed population (partial R 2 ¼ 0.45).

show abstract

Section: Vkorc1_9041 N (%)supporting

confidence: 65%

Warfarin pharmacogenetics: development of a dosing algorithm for Omani patients

et al. 2012

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“…The study populations used in deriving and validating the CKD-EPI equation were more ethnically diverse than those used for MDRD; however, they only included 10%-30% AAs and 2%-5% H/LAs. 12 Furthermore, classifying a person as black or not black is prone to error and can vastly oversimplify ancestral and ethnic identity, 13 particularly in mixed ancestry (or admixed) populations, such as AAs and H/LAs. Using genome-scale genetic data, it is possible to accurately determine an individual's genetic ancestry, which is the proportion of an individual's genome that is ancestral to continental source populations.…”

mentioning

confidence: 99%

Effect of Genetic African Ancestry on eGFR and Kidney Disease

Udler¹,

Nadkarni²,

Belbin³

et al. 2015

Journal of the American Society of Nephrology

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Self-reported ancestry, genetically determined ancestry, and APOL1 polymorphisms are associated with variation in kidney function and related disease risk, but the relative importance of these factors remains unclear. We estimated the global proportion of African ancestry for 9048 individuals at Mount Sinai Medical Center in Manhattan (3189 African Americans, 1721 European Americans, and 4138 Hispanic/Latino Americans by self-report) using genome-wide genotype data. CKD-EPI eGFR and genotypes of three APOL1 coding variants were available. In admixed African Americans and Hispanic/Latino Americans, serum creatinine values increased as African ancestry increased (per 10% increase in African ancestry, creatinine values increased 1% in African Americans and 0.9% in Hispanic/Latino Americans; P#1x10 27 ).eGFR was likewise significantly associated with African genetic ancestry in both populations. In contrast, APOL1 risk haplotypes were significantly associated with CKD, eGFR,45 ml/min per 1.73 m 2 , and ESRD, with effects increasing with worsening disease states and the contribution of genetic African ancestry decreasing in parallel. Using genetic ancestry in the eGFR equation to reclassify patients as black on the basis of $50% African ancestry resulted in higher eGFR for 14.7% of Hispanic/Latino Americans and lower eGFR for 4.1% of African Americans, affecting CKD staging in 4.3% and 1% of participants, respectively. Reclassified individuals had electrolyte values consistent with their newly assigned CKD stage. In summary, proportion of African ancestry was significantly associated with normal-range creatinine and eGFR, whereas APOL1 risk haplotypes drove the associations with CKD. Recalculation of eGFR on the basis of genetic ancestry affected CKD staging and warrants additional investigation.

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“…Un des aspects les plus controversés de la médecine personnalisée est le recours à l'origine ethnique ou la « race » pour stratifier les participants en sousgroupes d'études, ou comme critère d'inclusion/exclusion dans les projets de recherche [12]. Souvent, la stratification ethnique est utilisée par souci d'écono-mie de ressource et d'efficience.…”

Section: Stratification Ethniqueunclassified

Médecine personnalisée : équité et accès

Joly¹,

Knoppers²

2014

Med Sci (Paris)

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La médecine personnalisée a connu ces dernières années une popularité grandissante auprès des principaux acteurs de la recherche médicale, grâce à son potentiel de rationaliser le processus de recherche et de développement biopharmaceutique, et de permettre aux médecins de prescrire la bonne dose du bon médi-cament au bon patient. La translation de la recherche en médecine personnalisée vers les soins de santé clinique est donc perçue comme une priorité [1, 2]. Cependant, à côté de cet engouement, certaines critiques juridiques, éthiques et sociales persistent. Parmi celles-ci, la problématique d'accès à la médecine personnalisée, dans un contexte où les ressources sont limitées, occupe une place prédominante. La médecine personnalisée permettra-t-elle de faire des « gains de santé » substantiels, et ces gains seront-ils répartis de façon équitable parmi les membres de la communauté internationale ? À l'échelle nationale, de quelle façon s'établiront les priorités entre les différents groupes de patients et les différentes pathologies ? Enfin, la > La médecine personnalisée a connu ces dernières années une popularité grandissante. Cependant, malgré cet engouement, certaines critiques juridiques, éthiques et sociales persistent. Ce manuscrit aborde les critiques suggérant que la médecine personnalisée propose un modèle de soins de santé élitiste qui risque d'exacerber les inégalités déjà existantes en matière d'accès aux soins de santé. Il sera démontré que l'adoption de certaines tendances récentes en matière de recherche et d'innovation biotechnologique pourrait permettre de surmonter cette critique, et faire de la médecine personnalisée un vecteur d'accès équitable à une meilleure santé pour les populations. médecine personnalisée ne risque-t-elle pas de proposer un modèle de santé réservé à une élite déterminée par des critères arbitraires, tels que la capacité financière personnelle, la « race » ou la « loterie génétique », exacerbant ainsi les disparités déjà existantes en matière d'accès aux soins ? Ce sont ces critiques importantes que nous souhaitons analyser dans cet article. Accomplissements de la médecine personnaliséeLa médecine personnalisée est un concept hybride, impliquant l'utilisation de la pharmacogénomique et de plusieurs types de données médicales, pour permettre d'offrir de meilleurs soins de santé aux patients. Théoriquement, elle devrait permettre de développer des tests et des médicaments sécuritaires plus efficaces, et de passer du mode « traitement » au mode « prévention » en soins de santé [3,4]. Un regard rapide sur la banque de données américaine PharmGkB permet d'appréhender les avancées de la médecine personnalisée à ce jour. Selon celle-ci, 32 médicaments autorisés par la Food and drug administration (FDA) aux États-Unis et/ou par l'Agence européenne des médi-caments contiennent maintenant sur leur étiquette l'obligation d'être

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Warfarin pharmacogenetics: development of a dosing algorithm for Omani patients

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Médecine personnalisée : équité et accès

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