A fauna de peixes nos estuários e lagunas costeiras no estado do Rio de Janeiro é razoavelmente conhecida, havendo, porém, áreas pouco ou insuficientemente estudadas. Na Ilha Grande, o sistema lagunar do Sul e Leste destaca-se por ser um dos poucos ambientes estuarinos bem preservados na região sudeste do Brasil. Devido à inexistência de informações inerentes à ictiofauna, fez-se necessário o levantamento qualitativo e quantitativo, utilizando-se equipamentos diversificados de modo a minimizar o efeito da seletividade dos apetrechos. Foram registradas 44 espécies, das quais 21 (47,7%) foram classificadas como estuarinas migrantes, 14 (31,8%) como marinhas, 4 (9%) como dulcícolas e 5 (11,3%) como estuarinas residentes. Através de coleta padronizada, produziu-se, nos dois períodos, nas duas lagunas, amostra de 379 exemplares e 79.153,0 gramas de 19 espécies, representando 43,1% da diversidade. Os táxons mais abundantes foram Mugil spp. (25,5%), Atherinella brasiliensis (20%), Centropomus undecimalis (15,8%) e Eugerres brasilianus (14,2%), correspondendo a 75,5% da abundância. Já Mugil spp. (61,7%), C. undecimalis (12,1%), Centropomus parallelus (3,6%), E. brasilianus (7,3%), Lutjanus jocu (6,4%) e Elops saurus (3,6%) totalizaram 94,7% da biomassa. Os resultados dos índices de diversidade, de similaridade e de equitabilidade indicaram similaridade alta entre as espécies de peixes nas duas lagunas e entre os dois períodos, apresentando, porém, diferenças proporcionais relacionadas à dominância sazonal de alguns táxons. A proteção legal conferida à Reserva Biológica Estadual da Praia do Sul e a inexistência de atividades antropogênicas deletérias locais garantem a integridade dos ambientes aquáticos, conferindo ao sistema um padrão de integridade comparativo a ictiofaunas em outros estuários.