Quantifying biogenic bias in screening libraries

Hert, Jérôme; Irwin, John J.; Laggner, Christian; Keiser, Michael J.; Shoichet, Brian K.

doi:10.1038/nchembio.180

Cited by 204 publications

(196 citation statements)

References 34 publications

Supporting

Mentioning

188

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…However, natural products may have the additional advantage over synthetic compounds of being natural metabolites: compounds that are successful as drugs have been suggested to metabolite- 18 . This means that such compounds are not only biologically active, but also likely to be substrates for one or more of the many transporter systems that can deliver the compounds to their intracellular site of action.…”

Section: Ht"mentioning

confidence: 99%

“…Furthermore, it has been shown that 83% of core ring scaffolds that are present in natural products were absent from commercially available molecules and screening libraries 18 . It was concluded that including molecules with a natural-product-like scaffold into the screening library would increase hit rates 18 .…”

Section: Advances In Natural Product-based Screeningmentioning

confidence: 99%

See 1 more Smart Citation

The re-emergence of natural products for drug discovery in the genomics era

Harvey

Edrada-Ebel

Quinn

2015

Nat Rev Drug Discov

1,984

1,410

View full text Add to dashboard Cite

Natural products have been a rich source of compounds for drug discovery. However, their use has diminished in the past two decades in part because of technical barriers to screening natural products in high-throughput assays against molecular targets. Here, we review advances in chemical techniques for the isolation and structural elucidation of natural products that have reduced these technological barriers. We also assess the use of genomic and metabolomic approaches to augment traditional methods of studying natural products, and highlight recent examples of natural products in antimicrobial drug discovery and as inhibitors of protein protein interactions. The growing appreciation of functional assays and phenotypic screens may further contribute to a revival of interest in natural products for drug discovery.

show abstract

Section: Ht"mentioning

confidence: 99%

Section: Advances In Natural Product-based Screeningmentioning

confidence: 99%

The re-emergence of natural products for drug discovery in the genomics era

Harvey

Edrada-Ebel

Quinn

2015

Nat Rev Drug Discov

1,984

1,410

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Vários estudos indicam que os compostos de bases de dados empregados na HTS possuem fortes características fármaco-similar devido à presença de esqueletos moleculares privilegiados, ao que se atribui em parte o sucesso desta técnica. 23 A geração de bases de dados é influenciada diretamente por diversos fatores, dentre os quais se destacam as propriedades moleculares e físico-químicas. Um marco importante nesta área foi o estudo desenvolvido por Lipinski e colaboradores, em 1997, sobre algumas propriedades de fármacos administrados por via oral, que resultou na elaboração da regra dos cinco (rule of five), amplamente utilizada como filtro molecular em projetos de planejamento de fár-macos devido a sua simplicidade conceitual e facilidade de aplicação.…”

Section: Organização De Bases De Dados De Compostosunclassified

Integração das técnicas de triagem virtual e triagem biológica automatizada em alta escala: oportunidades e desafios em P&D de fármacos

Ferreira¹,

Oliva²,

Andricopulo³

2011

Quím. Nova

View full text Add to dashboard Cite

Recebido em 16/1/11; aceito em 2/6/11; publicado na web em 26/7/11 INTEGRATING VIRTUAL AND HIGH-THROUGHPUT SCREENING: OPPORTUNITIES AND CHALLENGES IN DRUG RESEARCH AND DEVELOPMENT. High-throughput screening (HTS) and virtual screening (VS) are useful methods employed in drug discovery, allowing the identification of promising hits for lead optimization. The efficiency of these approaches depends on a number of factors, such as the organization of high quality databases of compounds and the parameterization of essential components of the screen process. This brief review presents the basic principles of the HTS and VS methods, as well as a perspective of the utility and integration of these drug design approaches, highlighting current opportunities and future challenges in medicinal chemistry.Keywords: high-throughput screening; virtual screening; drug design. INTRODUÇÃOA descoberta de novos fármacos é um grande desafio para a indústria farmacêutica moderna. Os altos investimentos na área de pesquisa e desenvolvimento (P&D) contrastam com o número de novos medicamentos que têm chegado ao mercado nos últimos anos. 1 Este complexo panorama tem forçado a adoção de novas estratégias com o objetivo de aumentar a eficiência do processo de P&D, tendo como alicerces as inovações científicas, tecnológicas e empresariais.Considerando-se o expressivo número de alvos biológicos (proteínas alvo) promissores para o planejamento de fármacos, as técnicas de triagem biológica automatizada em alta escala (HTS -high throughput screening) e de triagem virtual (VS -virtual screening) têm ocupado papel de destaque entre as estratégias modernas exploradas na identificação de novas substâncias bioativas. Desde o seu surgimento, a HTS tem sido amplamente utilizada pela indústria farmacêutica, propiciando a avaliação de milhões de compostos contra proteínas alvo. Embora esta estratégia tenha despertado a esperança de uma revolução na descoberta de substâncias bioativas, em pouco tempo as suas limitações ficaram evidentes. 2 A ocorrência de um número elevado de falso-positivos, identificados inicialmente como hits (termo em inglês para designar um novo ligante ou composto bioativo) nos ensaios bioquímicos em alta escala pode ser destacada como um dos grandes problemas. 3 Os múltiplos modos de interação ou mecanismos de ação apresentados pelos diferentes hits selecionados podem também ser mencionados como outros importantes obstácu-los. 4 Além disso, o número possível de compostos com propriedades fármaco-similar (drug-like) 5 é várias ordens de magnitude maior do que o número de compostos que pode ser analisado nos processos de HTS. Portanto, o planejamento das bases de dados de compostos é essencial, sendo que fatores como propriedades moleculares e físico-químicas, ou ainda a diversidade química, devem ser considerados. [6][7][8] Com os notáveis avanços da biologia estrutural e a disponibilidade de recursos computacionais de alto desempenho, a VS surgiu como importante alternativa à HTS. A VS é um método in silico ("computacional") empre...

show abstract

“…However, molecules emerging from the new level of commitment can be applied to the targets long considered undruggable. An insightful analysis by Dr. Brian Shoichet's group revealed that nearly 80% of the ring scaffolds among the natural products were unrepresented among the commercially available molecules, 4 probably due to their limited synthetic accessibility. This may be a good example of unexplored chemical space that can be conquered by chemists with considerable practical experience and technical skill.…”

mentioning

confidence: 99%