Publishing and interlinking the Global Health Observatory dataset

Zaveri, Amrapali; Lehmann, Jens; Auer, Sören; Hassan, Mofeed M.; Sherif, Mohamed Ahmed; Martin, Michael

doi:10.3233/sw-130102

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“…Data quality mitigation strategies particularly focus on the following four data quality dimensions described by Zaveri et al [31]:…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

“…Zaveri et al [31] provide a comprehensive summary of different data quality issue dimensions that can arise in Linked Data sources and conduct a systematic review of the existing approaches to assess these quality issues, analyzing 21 relevant papers published between 2002 and 2012. They classify the data quality issues based on error correction strategies into errors that can be solved by (i) amending the extraction framework, (ii) correcting the property mapping, or (iii) adjusting the semi-structured knowledge base.…”

Section: Linked Data Quality Issuesmentioning

confidence: 99%

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Mining and Leveraging Background Knowledge for Improving Named Entity Linking

Weichselbraun

Kuntschik

Brașoveanu

2018

Proceedings of the 8th International Conference on Web Intelligence, Mining and Semantics

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Knowledge-rich Information Extraction (IE) methods aspire towards combining classical IE with background knowledge obtained from third-party resources. Linked Open Data repositories that encode billions of machine readable facts from sources such as Wikipedia play a pivotal role in this development. The recent growth of Linked Data adoption for Information Extraction tasks has shed light on many data quality issues in these data sources that seriously challenge their usefulness such as completeness, timeliness and semantic correctness. Information Extraction methods are, therefore, faced with problems such as name variance and type confusability. If multiple linked data sources are used in parallel, additional concerns regarding link stability and entity mappings emerge. This paper develops methods for integrating Linked Data into Named Entity Linking methods and addresses challenges in regard to mining knowledge from Linked Data, mitigating data quality issues, and adapting algorithms to leverage this knowledge. Finally, we apply these methods to Recognyze, a graph-based Named Entity Linking (NEL) system, and provide a comprehensive evaluation which compares its performance to other well-known NEL systems, demonstrating the impact of the suggested methods on its own entity linking performance.

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“…Data quality mitigation strategies particularly focus on the following four data quality dimensions described by Zaveri et al [31]:…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Section: Linked Data Quality Issuesmentioning

confidence: 99%

Mining and Leveraging Background Knowledge for Improving Named Entity Linking

Weichselbraun

Kuntschik

Brașoveanu

2018

Proceedings of the 8th International Conference on Web Intelligence, Mining and Semantics

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“…It requires identification of similar link types in our datasets, and then finding suitable matching links in external datasets. Zevari et al point out similar challenges in link discovery in health datasets [ 23 ].…”

Section: Methodsmentioning

confidence: 99%

Design and Development of a Linked Open Data-Based Health Information Representation and Visualization System: Potentials and Preliminary Evaluation

Tilahun¹,

Kauppinen²,

Keßler³

2014

JMIR Med Inform

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BackgroundHealthcare organizations around the world are challenged by pressures to reduce cost, improve coordination and outcome, and provide more with less. This requires effective planning and evidence-based practice by generating important information from available data. Thus, flexible and user-friendly ways to represent, query, and visualize health data becomes increasingly important. International organizations such as the World Health Organization (WHO) regularly publish vital data on priority health topics that can be utilized for public health policy and health service development. However, the data in most portals is displayed in either Excel or PDF formats, which makes information discovery and reuse difficult. Linked Open Data (LOD)—a new Semantic Web set of best practice of standards to publish and link heterogeneous data—can be applied to the representation and management of public level health data to alleviate such challenges. However, the technologies behind building LOD systems and their effectiveness for health data are yet to be assessed.ObjectiveThe objective of this study is to evaluate whether Linked Data technologies are potential options for health information representation, visualization, and retrieval systems development and to identify the available tools and methodologies to build Linked Data-based health information systems.MethodsWe used the Resource Description Framework (RDF) for data representation, Fuseki triple store for data storage, and Sgvizler for information visualization. Additionally, we integrated SPARQL query interface for interacting with the data. We primarily use the WHO health observatory dataset to test the system. All the data were represented using RDF and interlinked with other related datasets on the Web of Data using Silk—a link discovery framework for Web of Data. A preliminary usability assessment was conducted following the System Usability Scale (SUS) method.ResultsWe developed an LOD-based health information representation, querying, and visualization system by using Linked Data tools. We imported more than 20,000 HIV-related data elements on mortality, prevalence, incidence, and related variables, which are freely available from the WHO global health observatory database. Additionally, we automatically linked 5312 data elements from DBpedia, Bio2RDF, and LinkedCT using the Silk framework. The system users can retrieve and visualize health information according to their interests. For users who are not familiar with SPARQL queries, we integrated a Linked Data search engine interface to search and browse the data. We used the system to represent and store the data, facilitating flexible queries and different kinds of visualizations. The preliminary user evaluation score by public health data managers and users was 82 on the SUS usability measurement scale. The need to write queries in the interface was the main reported difficulty of LOD-based systems to the end user.ConclusionsThe system introduced in this article shows that current LOD technologies are...

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“…Tipicamente, os OSs possuem um portal web para disseminar seus resultados e permitir a geração de conhecimento e inteligência em diversas áreas da saúde (GUERRA;BORDE;SNYDER, 2016;KEBEDE;ZIELINSKI, 2014;ZAVERI et al, 2013). Trata-se de uma plataforma da WWW que atua como um repositório de dados, informações, documentos virtuais, resultados das análises e conhecimentos relacionados à área de saúde e que permite a apresentação dos mesmos por meio de páginas web dinâmicas e interativas (RODRIGUES; GATTINI, 2016).…”

Section: Dos Dados Até a Inteligência Em Saúdeunclassified

“…Alguns estudos relatam o surgimento e crescimento de um campo multidisciplinar, a ciência da web e saúde, que envolve anotação semântica e vinculação de registros e dados em saúde, descoberta e síntese de informações de saúde na web e utilização de métodos de crowdsourcing para descoberta de novos medicamentos (MILLER, 2017). Como resultado da ciência da web e saúde se tem os observatórios web de saúde, definidos como um ambiente de coleta, agrupamento, análise, consulta e compartilhamento de dados abertos e distribuídos para facilitar a colaboração cruzada entre pesquisadores e profissionais na área da saúde (HILL, 2005;ZAVERI et al, 2011;ZAVERI et al, 2013;GLORIA et al, 2014). Por meio de Application Programming Interfaces (API), eles provêm acesso à base de dados independentes, ferramentas e ambientes analíticos de visualização e colaboração (TIROPANIS et al, 2013;VAN KLEEK et al, 2014).…”

Section: Definiçãounclassified

Desenvolvimento de um modelo de observatório de saúde baseado na web semântica: o caso da rede de atenção psicossocial

Yoshiura¹

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Para subsidiar o trabalho dos grupos e equipes técnicas e de gestão no Sistema Único de Saúde do Brasil são cruciais a produção de informações que sejam acessíveis e confiáveis e o delineamento de indicadores assistenciais, com o intuito de medir o desempenho do sistema de saúde e para orientar a tomada de decisões, geração de estratégias e ações e o gerenciamento de políticas públicas. Na área de saúde mental, as equipes e grupos de gestão se deparam com desafios no tocante na implantação e gerenciamento de recursos e serviços que devem permitir uma atenção contínua, dinâmica, integral, articulada e estruturada dentro de uma Rede de Atenção Psicossocial. O desenvolvimento e implementação de Observatórios de Saúde pode auxiliar na superação desses desafios, uma vez que se baseiam em um conjunto interligado de métodos, técnicas, processos e atividades com o objetivo de produzir conhecimento e inteligência para auxiliar a tomada de decisão e formulação de ações em saúde. Um observatório pode ser potencializado com a utilização de tecnologias da web semântica, possibilitando, assim, a integração, produção, descoberta, classificação e compartilhamento de novos conhecimentos na área da saúde. Diante deste contexto, este trabalho tem como objetivo propor um modelo conceitual de observatório de saúde baseado na web semântica e aplica-lo no contexto da Rede de Atenção Psicossocial do Departamento Regional de Saúde XIII. Trata-se de uma pesquisa aplicada com o uso de ferramentas da pesquisa ação, com abordagem qualitativa e de objetivo exploratório. Para tanto, realizou-se uma revisão integrativa de observatórios de saúde, uma revisão narrativa sobre os principais conceitos, elementos, ferramentas e arquiteturas da web semântica, e uma revisão narrativa sobre o Sistema Único de Saúde, a saúde mental e a Rede de Atenção Psicossocial. A partir dos resultados das revisões, foi possível elaborar um modelo conceitual de observatório de saúde baseado na web semântica com três componentes principais: "Arquitetura de Tecnologia de Informação e Comunicação", que é baseada na arquitetura de software multicamadas e nas tecnologias da web semântica; "Stakeholders", que representam os stakeholders de um observatório e suas funções; e "Conceitos-chave", representando os principais conceitos e funcionalidades para a operacionalização do observatório. Em seguida, realizou-se entrevistas semiestruturadas que permitiram conhecer o contexto da Rede de Atenção Psicossocial do Departamento Regional de Saúde XIII sob a perspectiva de seus stakeholders. Por fim, com base no modelo conceitual e nos resultados das entrevistas, denominou-se o Observatório de Saúde Mental da Rede de Atenção Psicossocial do Departamento Regional de Saúde XIII e discutiu-se sobre suas características. Em um momento de transições rápidas nos serviços e sistema de saúde mental brasileiro, espera-se que esta pesquisa possa fornecer uma base teórica para implementação de observatórios voltados para a Rede de Atenção Psicossocial do Sistema Único de Saúde. Palavras-chave:...

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Publishing and interlinking the Global Health Observatory dataset

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Mining and Leveraging Background Knowledge for Improving Named Entity Linking

Mining and Leveraging Background Knowledge for Improving Named Entity Linking

Design and Development of a Linked Open Data-Based Health Information Representation and Visualization System: Potentials and Preliminary Evaluation

Desenvolvimento de um modelo de observatório de saúde baseado na web semântica: o caso da rede de atenção psicossocial

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