Introducción: La deficiencia de vitamina B12 se ha relacionado con el consumo crónico de inhibidores de la bomba de protones (IBP). El objetivo del estudio es determinar los niveles séricos de vitamina B12 en pacientes en tratamiento con un inhibidor de la bomba de protones y describir los niveles de vitamina B12 de acuerdo con el tipo de IBP, el tiempo de uso, la dosis, la edad y el sexo.Materiales y métodos: Se incluyeron pacientes mayores de 18 años que acudieron a la consulta externa del servicio de gastroenterología de la clínica Fundadores, institución de tercer nivel, con diagnóstico de enfermedad gastrointestinal y consumo de IBP. Se determinaron los niveles de vitamina B12. La información recolectada fue descrita y analizada mediante técnicas estadísticas convencionales con análisis estratificado según variables.Resultados: Se reclutaron 109 pacientes, el 78,9% de ellos eran mujeres. La edad promedio fue 58,9 años. Los pacientes en tratamiento con IBP durante >3 años tuvieron niveles de vitamina B12 significativamente más bajos comparados con el grupo ≤3 años (p=0,022). No se encontró diferencia estadísticamente significativa de acuerdo al tipo de IBP (p=0,881; p=0,098 y p=0,131 para esomeprazol, omeprazol y lansoprazol respectivamente), la edad (p=0,937) y el sexo (p=0,519).Conclusiones: El consumo de IBP durante >3 años se relaciona con una disminución en los niveles séricos de vitamina B12. La edad, el sexo, el tipo de IBP y la dosis utilizada no son factores independientes relacionados con esta disminución.